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可能到达呢我当为旧君服丧退回复里而已。”空之反叛逃走自缢而死。但盘墨对奁担说：“我该到何处去？”高担说：“镇北将军此去必不能幸免，你可随我回亘旦。旦玄确能保守节操侍奉君主，我当和你侍奉他；否则，和你一起图取他。现在正是桓玄矫情用智的时候，必用我们这些人。”桓玄的堂兄桓脩任抚军将军镇守丹徒，委任高祖为中兵参军，军职、郡职照旧。
孙恩自从失败逃亡之后，部众逐渐离散，怕被活捉，就在临海投水而死.残余的部众推举孙恩的妹夫卢循为首领。桓玄想要姑且安宁东部地区，任命卢循为永嘉太守。卢循虽然接受任命，而作乱劫掠不止。五月，桓玄又派遣高祖东征。当时卢循从临海进入东阳。二年正月，桓玄又派遣高祖在束阳打败卢循。卢循逃奔永嘉，高祖又追击打败他，杀死他的大帅张士道，追击讨伐直到晋安，卢循从海上向南逃走。六月，加授高祖为彭城内史。
桓玄做楚王，将谋划篡夺帝位。桓玄的堂兄卫将军桓谦摒退他人询问高祖说：“楚王功高德隆，四海信服。朝廷上下都认为应实行禅让，您以为怎么样？”高祖心中既想图取桓玄，就用恭顺的言语回答说：“楚王是宣武王的儿子，功高一世.晋室微弱，民望早已转移，乘机禅让，有什么不可以？”桓谦高兴地说：“您认为可以，就是真可以了。”十二月，桓玄篡夺帝位，将天子迁到寻阳。桓脩入朝，高祖随同到京城。桓玄见到产祖，对司徒王谧说：“昨天见到刘裕，风度不凡，是人中豪杰。”每次游览集会，都接待殷勤，赠送赏赐很丰厚。高祖更加厌恨桓玄。有人劝桓玄说：“刘裕龙行虎步，气概非凡，恐怕不会甘居人下，应该早作打算。”桓玄说：“我正要扫荡中原，非刘裕不足以托付大事。关中、陇西平定后，然后当另加考虑。”桓玄于是下诏说：“型茔以少数人制服众多的人，屡次摧败妖贼的锋芒。乘船入海穷追猛打，妖贼被歼灭十分之七八。诸将拼命作战，多受重伤。自主帅以下直到将领士兵，都应评定赏赐，来表彰功勋。”
在这之前直担束征卢循，何想星跟随他到达山压，劝说他在盒稽起义。宣担以为但玄还未占据帝位，而且盒稽离京城遥远，事情难以成功，等到艳篡位叛逆的事情显著，慢慢地在塞旦收拾他，不怕不成功。到这时担恺还京，产担假称刀伤发作，不能徒步随从，就和无忌同船一起回京，订下复兴晋国的计策。于是和弟弟道规、沛郡人刘毅、平昌人孟昶、任城人魏咏之、高平人檀凭之、琅邪人诸葛长民、太原人王元德、陇西人辛扈兴、东莞人童厚之一起参与起义。当时桓脩的弟弟桓弘担任征虏将军、青州刺史，镇守广陵。道规任桓弘的中兵参军，孟昶任州主簿。于是派刘毅秘密前往会合孟昶，在长江北聚集部众，计划起兵杀死桓弘。长民任豫州刺史刁逵的左军府参军，谋划占据历阳相互响应。元德、厚之谋划在京城聚集兵马攻打桓玄，并约定期一齐发动。
三年二月己丑初一，乙卯.高祖假托狩猎，和无忌等人聚集起义徒众，同谋的共有何无忌、魏泳之、咏之的弟弟欣之、顺之、檀凭之、凭之的侄儿檀韶、檀韶的弟弟檀祗、檀隆、道济、道济的堂兄范之、高祖的弟弟道怜、刘毅、刘毅的堂弟刘藩、孟昶、孟昶的远房弟弟怀玉、河内人向弥、管义之、陈留人周安穆、临淮人刘蔚、堂弟珪之、东莞人臧熹、堂弟宝符、侄儿穆牛、童茂宗、陈郡人周道民、渔阳人田演、谯国人范清等二十七人；愿意跟从的有一百多人。丙辰，清晨，城门打开，无忌穿着传达诏令的服装，念诏命走在前面。起义的人奔驰进城，齐声大叫，官吏兵上惊讶逃散，不敢行动，当即斩桓脩示众。高祖哭得很悲伤，对桓脩厚加收殓。孟昶劝说桓弘当天出城狩猎。天未亮打开城门，放出狩猎的人，孟昶、道规、刘毅等人率领壮士五六十人利用开门时径直冲入官府。桓弘正在喝粥，当即杀死他，随之聚集部众渡过长江。
起义军刚攻克京城，桓脩的司马刁弘率领文武佐吏前来奔赴。高祖登上城头对他们说：“郭型业已拥戴皇上在寻阳重登帝位，我们都接受秘密的韶书，诛杀叛逆的党羽，在今同时发动。贼人担玄的首级，当已在大航示众了。各位不是太置的臣属吗，现在来想做什么？”刁弘等人相信了这些话，集合部众退走。刘毅到达后，高祖令他杀刁弘。
里邀的哥哥刘逼原先在京城，事情发动前几天，高祖派遣同谋的人周安穆告诉他，让他做内应。刘迈外表上虽然许诺，内心很害怕。安穆见他惶恐，顾虑事情必会泄露，就飞奔返回。当时桓玄任命刘迈为竞陵太守，刘迈不知该怎么做，就上船想到郡中。这天夜间，桓玄给刘迈写信说：“比府人心如何？你近来见到刘裕讲了些什么？”刘迈以为桓玄已经知道了密谋，早晨起来便去报告。桓玄震惊畏惧，封刘遇为重安侯；不久嫌刘逋没有捉住安穆，使安穆得以逃走，就杀丁刘迈。诛杀元德、扈兴、厚之等人。召桓谦、卞范之等人谋划抗拒高祖。桓谦等人说：“马上派兵攻打他们。”桓玄说：“不能这样。他们的兵士行动快，不怕死.如果派遣水军，不足以抗衡，假使有闪失，则他们的气势形成而我们的事情就失败了。不如在覆舟山驻扎大军来等待他们。他们凭空行走二百里，没有动手，锐气已受挫，到达之后，忽然遇见大军。必定惊恐。我们屯兵不动加固阵势，不同他们交锋，他们寻求作战而不能达到，自然四散逃跑。这是上等的计策。”桓谦等人坚决请求，才派遣顿丘太守吴甫之、右卫将军皇甫敷向北抗拒起义军。
桓玄自从听说军队起事，就忧虑恐惧不知如何是好.有人说：“刘裕等人兵力很小，哪能起事成功，陛下何必如此担忧？”桓玄说：“刘裕足以成为一代的英雄；刘毅家无担石存粮，赌博却一掷百万；坦叁昼是刘生之的外甥，很像他的舅父。共举大事，哪裹能说不能成功？”
众人推举宜砠为盟主，向京城发布文告，说：治乱交替出现，没有永久的太平，贼寇作乱，往往发生在太平之时。自我大晋，厄运屡次出现，隆安年间以来，祸难连结于皂室，忠臣死在虎口中，良亡死在豺狼之手。叛臣驻欺凌人鬼，拥兵于荆州郢州，在京城恣意暴虐。上天没有除去祸难，凶党繁茂兴盛，一年之间就倾覆皇位。主上流亡.到了非人生活之处，帝位陷落，七庙毁灭。题有鲤、堕，选有妓、垄，和但玄相比，还嫌不足。自从桓玄篡位，到现在已经一年，天早连年，民众没有生机。加上官吏民众为运输而疲劳，文官武将为建筑而受困，父子分离，家庭四散，岂衹是大东有妇女的悲伤，标梅有尽其所有的征收啊？仰观天体运行，俯家人间事务，这如果能长久，谁还会灭亡？凡是有良心的人，谁不惋惜？这是刘裕等人所以痛苦之极，不能安居的原因。所以晚睡早起，表彰忠良，聚于崎岖道路，危险超过践踏虎尾。辅国将军刘毅、广武将军何无忌、镇北主簿孟昶、兖州主簿魏咏之、宁远将军刘道规、龙骧将军刘藩、振威将军檀凭之等人，其忠烈可以断金，其精诚可贯曰月，手执兵器奋起，决心为国捐躯。益州刺史毛璩，万里同心，扫荡荆楚。江州刺史郭昶之，迎接主上，在寻阳建立宫室。镇北参军王元德等人，都率领部属，据守石头。扬武将军诸葛旦匡，招集正义之士，已经占据历阳。征虏参军庾迹之等人，暗中集结，作为内应。同心协力，各地蜂拥而起，当日斩伪徐州刺史室蝈王但篮、壹业刺史旦弘的首级。起义兵众集合后，文武官员奋勇争先。都认为没有统一调度，事情就不能成功。刘裕迫不得已，总领军中要务.希望上凭祖宗的威灵。下尽义士的力量，剪除叛逆，肃清京城。
公侯诸君，有的世代忠贞，有的身受爵宠，却都向狡猾的小人低头，效命无路，观望周伐大道，难道不悲伤吗？现在起事，实在正是机会。刘裕德行薄弱，才能不及古人，获掌已经践履的枢要，受任于国运衰颓之时。赤诚的心没有表达，感慨激愤，望云霄而咏叹，望山川而增添斗志。发布檄文的时候，心思已奔向贼寇的朝廷。
任命逼赵为长史，总领后方事务；檀凭之担任司马.百姓愿意跟从的有一千多人.
三月戊午初一，在江乘遭遇吴甫之。甫之，是桓玄骁勇的将领，士卒精锐。高祖亲自手执长刀，大声呼喊着冲击他们，甫之的部众都望风披靡，当即斩杀甫之。进军到罗落桥，皇甫敷率领几千人迎战。宁远将军檀凭之和高祖各率一队人马，凭之战败而死，他的部下逃散。高祖上前交战越发勇猛，前后冲击，很快打败桓玄的军队，当即斩下皇甫敷的首级。当初高祖和何无忌等人共同确立大计，有善于看相的人看高祖和无忌等人都会大贵，应验很切近，惟独说凭之没有富贵相。高祖和无忌互相秘密地说：“我们既是同舟共济，道理上不能大有差异。我们都当富贵，那么檀凭之不应独自不同。”很不理解看相者的话。到逭时凭之战死，高祖知道事情必定成功。
桓玄听说皇甫敷等人战死，更加畏惧。派桓谦驻守东陵口，卞范之驻守覆舟山西面，部众共二万人、、己未早晨，起义军进餐完翠，抛弃剩余的粮食，推进到覆舟山东面，派乞丐在山上竖起旗帜，作为疑兵。桓玄又派遣武骑将军庾帏之，配备精锐的兵士锋利的兵器，协助桓谦等人。高担身先士卒冲击他们，将领士兵都拼死作战，无不以一当百，呼喊声震动天地。当时东北风猛烈，高祖因而下令放火，烟火冲天，鼓噪的声音震撼京城.桓谦等各军，一时之间上崩瓦解。桓玄开始虽然派兵布阵，而逃走的主意已定，另外派遣领军将军殷仲文在石头城准备船只，随即带领子侄渡江向南逃跑。
庚申，高祖镇守石头城，确立留台官员，在宣阳门外烧了桓温的牌位，造晋国的新牌位立在太庙中？派遣将帅追击桓玄，尚书王嘏率领百官迎接皇帝。司徒王谧和众人商议推举高祖兼任扬州刺史，宣担坚决推辞.于是任用王谧为录尚书事，兼挝州刺史。这时推举高祖为使持节、都督扰强查逸直冀幽甚八州诸军事、领军将军、徐州刺史：此前朝廷继承晋氏的混乱政局，百官放纵，但直虽想整顿，而众人不从。高祖以身作则，威镇内外官员，百官都严肃地履行职责，二三口之间，风俗大变。而且桓玄虽然足以英雄豪杰受到推举。而一旦拥有帝位，置压四方的刺史郡守和在朝的大臣，都尽心侍奉，君臣的名分确定了.产担在朝中地位低，部属不足五百人，起自民间，倡导大义恢复皇位。因此玉遥等各人这时失去民心，无不惭愧而畏惧。
诸葛长民延误时间未能发动，刁逵捉住他押送入京，没有到京城而桓玄已败。
桓玄经过寻阳，江州刺史郭昶之备齐皇帝车辆器物资助他。桓玄招募二千多人，挟持天于逃到江陵。冠军将军刘毅、辅国将军何无忌、振武将军刘道规率领各军追击讨伐。
尚书左仆射王愉、王愉的儿子荆州刺史王绥等人，是江左的名门望族。王绥年轻时有大名声，因壶担出自于平民，很轻视他。王绥，是桓压的外甥，也有自我疑虑的心思。高祖全部杀了他们。
四月，奉武陵王司马遵为大将军，秉承皇帝之命便宜行事。大赦天下，衹有与桓玄同祖者例外。
当初壶趄家中贫穷，曾经欠刁逵的社钱三万，长时间不还。卫达捉住他逼债，王谧造访刁逵时见到这件事，暗中代还丁钱，高祖因此得释。直担名声小地位低，名流都不同他相交往，惟独王谴同他交往。桓玄将要篡位，王谧亲手解下圭壶的玉玺丝带，成为桓玄的辅佐功臣。等到起义旌旗树起，众人都说王谧应该诛杀，惟有高担保护他。型塑曾利用朝廷集会，询问王谧玉玺丝带在何处，王垄更加害怕。等到王愉父子被杀，王谧的堂弟王谌对玉锤说：“王鲍没有罪过，而起义军杀了他，这是铲锄超过自己的人，来断绝民众的希望。兄长既是桓氏党羽，名声地位如此高，想求免死能达到吗？”王驹是王愉的小名.：王垄畏惧，逃到迪阿。直担上书大将军，极力保护王谧，迎接他官复原职。光禄勋卞承之、左卫将军撞塞、游击将军]壁昼役使官府人员，被御史中丞王祯之纠察，道歉的文书中言辞充满怨恨愤怒.丞之到司宜藏。高祖给大将军送呈文书，禀报“褚粲等人处于大臣之位，想法必合情理。别人执法不公，自应据理陈述，然而却心怀怨恨，把过错归到有关部门。对此应加以制裁，以明法度”把褚粲等人都免除宫职。
桓玄哥哥的儿子桓歆，聚众向历阳进发，高祖命令辅国将军诸葛长民出击打退了他。无忌、道规在桑落洲打败桓玄的大将郭铨等人，各军前进占据寻阳。加授高祖为都督江州诸军事。桓玄回到塑业呈幽后，大量聚集兵马，征召水军制造战船、器械，率领军队二万人，挟持天子从江堕出发，从昼辽东下，同冠军将军刘毅等人在峥噬洲相遇，各军下船出击，大败桓玄。桓玄抛下部众，又挟持天子返回江陵。桓玄的同党殷仲文侍奉置鱼二位皇后回到京城。桓玄到达江陵，随即向西逃跑。南郡太守王腾之、荆州别驾王康产侍奉天子进入南郡官府。起初征虏将军、益州刺史王壁，派遣堂孙违之和参军费垣护送弟弟的霞柩束下，有兵士二百人。毛璩弟弟的儿子脩之当时任旦玄的屯骑校尉，诱骗但玄入蜀。到达枚回泌，壹区和违之迎上前射击桓玄。益州督护冯迁斩下旦玄的首级送到京城。又在江陵街市斩杀桓宣的儿子但昼。
当初担玄在峻哩迦失败，起义军以为大事已定，追击不力.但玄死后将近十天，各军还没到。担玄的侄儿担面逃到楚容的通主，招集叛党几千人，清晨袭击江陵城，居民竞相出城投奔他。跶之、屋产都被杀害。桓谜原先躲藏在沮贝，也聚集部众来响应.桓振为桓玄发丧，设立治丧场所。逗谌率领众官员把玉玺丝带献给安壶。翅昼、道趄到达毖后，同旦面在灵选交战。但玄的党羽迈谴在扰挞设下埋伏，起义军失败逃奔，退回寻阳。
查州刺史圭垦有二心。遇北青州刺史刘该反叛，主星请求征讨刘茵，停驻在淮阴，又反叛。芒星的长史羊穆之斩杀芝虽，传送首级到京城。十月，壶担兼任壹州刺史。率仪仗一百人进殿。
曲各军又进军驷。曲攻打铋，龃攻打偃月垒，都攻下来了。十二月，各军前进平定旦座。
义熙元年正月，刘毅等人到达江津，打败桓谦、桓振，江陵平定，天子重归帝位。三月，天子从江陵归来。下韶说：古人说首先是天地，其次是君臣，所以天上有曰月星辰，神入互相交替，道理起源于蒙昧时代，而行于万代。所以满亏相继出现，四种灵物贯通其中变化，王道有时衰落，忠臣贤士拯救危难，天命因此不变，人心因此和顺。虽然夏朝、周朝中途倾覆，依赖靡、申的功绩，莽、伦窃位，维护二代。有的凭藉声望依靠名号，有的业绩隆盛于后世，诗经尚书因之歌咏，史册传为美谈。没有利用真心安抚民众，而真诚发出循理响应，扶持帝位于已沉沦之时，如当今这样强盛的。
我以薄德弱才，遭遇家族不幸，父母之丧刚过，又遇时运艰难。叛臣桓玄，乘机恣意作恶，凶残暴虐，罪恶滔天扰乱华夏。欺骗大众神明，肆意篡位作乱。祖宗的基业埋没，七庙的祭祀断绝，犹如坠入深渊山谷，还不足以譬喻。
维护晋朝，天纵英才，使持节、都督扬徐兖豫青冀幽并江九州诸军事、镇军将军、徐青二州刺史，忠诚如上天般明朗，神明英武著名于当代，以此能贤士协同，义士响应。所以归顺的声音一发出，南海北海卷起波涛，英武的风暴震撼道路，京城肃清阴暗.及至冠军将军刘毅、辅国将军无忌、振武将军道规，战船旌旗急进，而元凶的首级传送，回师挥舞旌旗，荆山、汉水廓清。使宣帝、元帝的国运，如嵩山、岱山永远坚固，倾覆的根基重新构造，再度集中于我身上。宗庙享受七百年的福祉，基业融入崭新的天命。思念这些功勋德行，永远铭记心中。本来已是道德高于开天辟地以来，超绝于千古，有文字记载以来，从前没有听说过。虽然功高无以复加，至理难以表述，而崇尚功勋褒扬德行，英明君主将其放在首的原因，当是用以弘扬道德控制政治，深切关涉到盛衰。所以伊尹、吕望受到特殊的赐予，齐桓公、晋文公享有完备的礼仪，何况宏大的征验旷代难出，回顾百代难有匹敌的人呢。应该用尽名号器物的隆重，来昭明大国的盛典。然而镇军将军谦虚发自内心，诚恳的心意屡次显明，我难以违忤仲父，如此镇军将军更显得德行美好。镇军将军可升任侍中、车骑将军、都督中外诸军事，使持节、途直二州刺史照旧。显著赐予大国，开拓境土。
区型坚决推让。加授绿尚书事，又不接受，屡次请求回到封地。天子不准，派百官劝告，又亲自前往高祖宅第。高祖惶恐前往宫廷陈述，天子不改变他的主意。这个月，高祖返回镇守丹硅。天子重新派遣大使劝说，高祖又不接受。于是改授为都督荆、司、梁、益、宁、雍、凉七州，加上从前为十六州诸军事，原官照旧不变。这时壶担受命解除直业刺史职位，另兼任兖州刺史。
卢妪从海上乘船攻下广州，擒获刺史吴隐之。当即任用卢循为卢州刺史，任用他的同党徐道覆为始兴相。
二年三月，都督交、广二州。十月，高祖上疏说：“往昔上天降罪皇室，大奸贼篡位，臣下等人在道义上是旧臣属，早蒙国家恩典，上契合诚信归附的符命，下激励臣子的义愤，虽然是国家的福分，也是由众人之力。应奖掖忠诚勤奋的佐吏，尽力而为的文武之士，宣扬主上的谦恭，以免有损国家典章制度现先行申报所统领各军，共同谋划发起义举，开始平定京、广陵二城，有臣下和抚军将军刘毅等二百七十二人.以及随后奔赴大义到京城沿途大战，上述人员外余下的有一千五百六十六人，另有辅国将军长屋、已故给事中王元德等十人，合计一千八百四十八人，请求正式封授赏赐。西征的各军，待评定后陆续上报。”于是尚书上奏封倡导大义的主谋镇军将军型茔为豫章郡公，食邑一万户，赐绢三万匹。其余封爵赏赐多少不等。镇军将军府的佐吏，低于从前太傅谢安府一个等级.
十一月，天子重申前令，加授高祖为侍中，升为车骑将军、开府仪同三司。高祖坚决推辞。天子诏令派遣百官劝说.
三年二月，高祖回到京城，将要前往廷尉，天子预先诏令狱官不予受理。高祖前往宫廷陈述，方得准许。高祖回到丹徒。
闰月，府中将领骆冰作乱，将要被捉，单人匹马逃跑，被追上斩杀。诛杀骆冰的父亲永嘉太守竖球。骆球本来是东阳郡吏，孙恩之乱时，他在长山起义，所以被提拔。当初桓玄失败，因桓冲忠诚坚贞，任用他的孙子桓胤。到这时骆冰图谋以桓胤为君主，和东阳太守殷仲文暗中互相联合。于是诛杀仲文和仲文的两个弟弟.凡是桓玄的余党，至此全被杀掉.
天子派遣兼太常葛籍授予豫章郡公策书说：“直尘罪恶滔天，裹翌乘机作乱，扰乱节度干犯法纪，削弱王室。贼臣桓玄，恃宠叛逆，摧垮华山、霍山，倒拔嵩山、泰山，铲平五岳，天地四方改变。公才华盖世天赋英武，怀才等待时机，发自内，誓洗国家耻辱，愤慨衰微，日夜抒发诚意。不久岁月流逝，帝位失去多时，心怀忠孝暗中寄托，沟通天地人。不改节操遏制凶残，倡导者和响应者一同起事，向苍天申诉正道，指挥起义军而驱驰。前锋几百人，势如闪电，百万人马不能抗衡，夺路逼近京城。于是使大恶之人溃败，暴死于昼红莲丞中，谋略遥远地发出，浓密的凶气被荡涤，天地澄清，日月星辰照耀，事迹传扬千古，功高于古今，道理上难以述说，大义感动我的心。为救济自身而实行道义，还受到封爵，何况是诚意德行都深厚，功勋高于天人呢？因而建立邦国，山河水固，此言出自肺腑，何足为报。努力吧保障我一人，永久保佑晋朝，流传后世，传诸永久。可抑制心志接受美好的策封，应答我的诏命。”
十二月，司徒、绿尚书事、扬州刺史王谧逝世。
四年正月，召豫章郡公入朝辅政，授侍中、车骑将军、开府仪同三司、扬州刺史、录尚书事，徐兖：二州刺史照旧。豫章郡公上奏解除兖州刺史职位。在这以前派遣冠军将军刘敬宣讨伐蜀地贼寇谯纵，无功而回。九月，因敬宣受挫退却，请求退位，未获批准。于是降为中军将军，开府照旧.
当初伪燕王鲜卑人慕容德在青州僭越称帝，慕容德死去，其哥哥的儿子慕容超继位，前后接连成为边境的祸患。五年二月，大肆掳掠淮水以北，活捉阳干太守刘干载、济南太守赵元，掠走一千多家。三月，豫章郡公上奏北伐，委任丹阳尹孟昶督察中军留守府事务。四月，水军从京城出发，溯淮水入泅水.五月，到达下邳，留下船舰车辆等，率步兵进军琅邪。所过之处都筑城留人守卫。鲜卑的梁父、莒城两个城堡的敌人都四散逃跑。
慕容超听说朝廷军队将要到来，他的大将公孙五楼劝说他：“应该占据左蛆，把庄稼全部割掉，坚壁清野等待他们。他们远来没有物资。寻求作战而办不到，一月之后，我们就可以出击痛打他们了。”慕容超不听，说：“他们远道而来很疲劳，势必不能持久，衹应引诱他们越过大岘，我们用铁甲骑兵出击，不愁不能击败。哪有先毁掉庄稼，白行削弱的呢？”当初豫章郡公将出征，议论的人以为贼寇听说大军速出，必定不敢交战，如不截断大岘，也当坚守广固，坚壁清野，以断三军的用度，不仅难以取胜，还将不能返回。豫章郡公说：“我已经揣摩透了。鲜卑人贪婪，没有长远计划，进军贪图攻城捕获，退兵顾惜谷粟禾苗.会以为我们孤军深入，不能坚持长久，他们不过向前占据临朐，后退守卫广固.我车一进大蛆，就没有后退的心意，指挥拼命作战的部众，攻向有二心的敌寇，何必担忧不能攻克？他们不能收藏物资固守大岘，我可为各位打包票。”豫章郡公进入左蛆后，举起手指向上天说：“我们的事情成功了！”
六月，慕容超派遣互撞和尘堑塑曲卢预先占据临朐城。听说大军到达后，留下体弱年老的人守卫庐厘，于是全部出动。临朐有一条巨蔑水，离城四卜里。慕容超告诉五楼说：“赶紧前去占据，晋军得到河流，就难以攻打了。”五楼飞奔前进。龙骧将军孟龙符率领骑兵在前面，奔跑前去争夺巨蔑水，五楼于是退走。
各军步行前进，有战车四千辆，分为两行，并排推进，车都挂上幔子，驾车的人手拿长矛.又派轻装的骑兵为游动部队。军令严明，队伍整齐。离临朐衹有几里路的时候，贼寇骑兵一万多人从前后交相赶来。豫章郡公命令兖州刺史刘藩、弟弟并州刺史道怜、谘议参军刘敬宣、陶延寿、参军刘怀玉、慎仲道、索邈等人，协力攻打他们。太阳偏西，豫章郡公派遣谘议参军檀韶赶往临朐。檀韶率领建威将军向弥、参军胡藩奔驰前往，当天攻下城池，砍断他们的军前大旗，全部缴获慕容超的军用物资。慕容超听说临朐已被攻下，带领部众逃跑，豫章郡公亲自击鼓，贼寇于是逃奔。慕容超逃回广固。这一战缴获慕容超的马匹、车辆、玉玺、豹尾等等，送回京城。杀掉慕容超的大将段晖等十多人，杀死俘获其他人等数以千计。
次日，大军推进到广固，常即屠灭大城，慕容超退守到小城中。于是设置长围墙来守卫，围墙高三丈，外面挖了三条沟。停止长江、淮水的转运，在齐地食用当地谷粟。安抚投降归附者，华人戎人欢天喜地，依据才能授予爵位，随之加以任用。七月，诏令加授豫章郡公为北青、冀二州刺史.慕容超的大将垣遵、垣遵的弟弟垣茁都率领部众归顺。豫章郡公正修造攻城器械，城头上的人说：“你们得不到张纲，哪能有作为呢？”张纲，是慕容超的尚书郎，这人有精巧的构思。正遇摹容超派遣张翅向挑兴称臣，请求出兵救助。姚兴假装答应他，而实际上畏惧豫章郡公，不敢派出军队。张纲从长安返回，泰山太守申宣抓住后送给豫章郡公。就把张纲弄到战车上，给城内人看，城内的人无不害怕。于是让张纲大量修造攻城器械。慕容超求救办不到，张纲反倒被捉，变得忧愁畏惧起来。就请求向晋国称臣，割让左蛆作为边界，献马一千匹。豫章郡公不依，围攻更急迫。黄河以北的民众带兵器背粮食到来的，每曰数以千计。
录事参军刘穆之，有谋划之才，豫章郡公把他作为主要谋士，各项活动必向他咨询。这时姚兴派遣使者告诉豫章郡公说：“慕容氏现和我国相邻和好，因走投无路告急，现在将派遣骑兵十万人，径直占据洛阳。晋军如不撤退，我国就将派遣骑兵长驱直入。”豫章郡公呼唤姚兴的使者回答说：“告诉你们的姚兴，我平定燕国之后，休养军队三年，将平定关中、洛阳。现在自己送死，可以快来。”穆之听说有羌人使者，急速进去，而豫章郡公打发使者已离开了。豫章郡公把姚兴的话以及自己的回答，都说给穆之听。穆之责备豫章郡公说：“平曰事情无论大小，必定使我参与谋划。这件事应该妥善周详，为什么仓促地回答？公所回答姚兴的话，不能威吓敌人，衹足以激怒他而已。如果燕国不能攻下，羌人的救兵突然到来，不知如何对待他们？”豫章郡公笑着说：“这是军事机密，你不理解，故不先告诉你。兵贵神速，他们如真能派遣救兵，必定害怕我们知道，哪能先派遣使者？这是他们看到我们讨伐垄玺，内心已怀有畏惧，为自己打气的话而已。”
九月，升豫章郡公为太尉、中书监，坚决推让。伪途业刺史昼塞原先投奔索虏，十月，从河北前来归附。
退网修造攻城器械完成，施设各种奇妙巧思，飞楼木幔之类，无不齐备。城头上的火石弓箭无法使用。六年二月丁亥，屠减广固。慕容超翻过城墙逃跑，被征虏贼曹乔胥擒获，杀死他的王公以下官员，没收人口一万多，马二千匹，押送摹查超到京城，在建鏖集市斩首。
豫章郡公北伐时，徐道覆便有窥伺之意，劝鲻乘虚出兵，龃不听.面就到曲劝龃说：“你一向住在五岭以南，不是理该如此。衹是因刘公难以与你为敌的缘故。现在刘公正调集军队到坚固的城池之外，不知何时才能回师。以此思念家乡敢于拼命之兵，袭击何无忌、刘公，取胜易如反掌。不趁这个时机而保一时的平定，如刘公平定齐地之后，稍微休养军队，不过一二年时间，必定用玺书征召您。如果刘公自己率领部众到豫章，派遣精锐部队越过五岭，即使将军神明英武，也恐怕必然不能抵挡。今日的机会，千万不可失去。攻下京城后，倾覆了他们的根基，刘公虽然返回，也没有办法了。”卢循听从他的意见，于是率领部众越过五岭。当月，侵犯南康、庐陵、豫章，各郡太守都弃官而逃。这时平定齐地的消息没有送到，就急速派使者征召豫章郡公。豫章郡公最初攻克齐地时，想停下镇守下邳，肃清黄河、洛水随之征召的使者到来，当天率军回朝。
镇南将军何无忌和徐道覆在豫章交战，大败，面墨被杀。内外官员震惊畏惧。朝廷想陪皇帝向北逃跑到豫章郡公处，不久得知贼寇确实没到达，人心稍微安定。豫章郡公到下邳，用船运输军用物资，自己率领精锐部队步行返回。到达丛厘，听说翅垦被杀，就担心京城失守，于是收起兵器夜赶路，和几十人到达淮水边，向行人询问朝廷消息。行人说：“贼寇还没到，刘公如返回，就没有什么忧虑了。”豫章郡公大喜，单船渡过长江，径直到达京口，众人于是大为安心。四月癸未，豫章郡公到达京城，解除戒严休养军队.
抚军将军刘毅上表向南征讨，豫章郡公给刘邀写信说：“我往日多次攻打贼人，知道他们的变化，他们刚刚获胜，不可轻视。应等我装备完毕，和弟弟一同出兵。”又派遣刘毅的堂弟刘藩前去劝阻他。塞邀不听，率水军二万人，从姑孰出发。卢循开始束下时，派道覆攻向寻阳，自己侵犯挝丞地区各郡。曲蛆刺史这想派遣军队到长逆，被鲎妪打败。卢握径直到达毋陵，将攻向江陆。道覆听说刘塑攻向上游，急派使者报告卢循说：“刘堑的军队很强，成败在此一战，应该合力打败他。如果造一战取胜，天下就不再有事了。根基平定后，不担忧上游不能平定。”卢循当天从旦陆出发，和j塑旌旗相连而东下。另外有八艚舰九艘，各四层，高十二丈。豫章郡公因南部疆域沦陷，上交印绶辞职，未获批准。五月，刘毅在桑落洲大败，抛下船舰步行逃去，其余逃不掉的部众都被贼寇所擒。
当初卢循到达寻阳，听说豫章郡公已回，不相信。打败刘毅后，确知豫章郡公已得胜回朝，都相顾失色。卢循想退回寻阳，进军平定江陵，占据二州来对抗朝廷。道覆以为应该乘胜推进，坚决地争辩。疑惑商议了多天，道覆的意见才被听从。
刘毅失败的消息传到，内外动荡不安。这时北方的军队刚返回，多受创伤疾病。京城的战士，不过几千人。贼寇攻下江州、豫州二镇，战士十多万，船舰车辆绵延百里.失败逃回的人都说他们强盛。孟昶、诸葛长民畏惧贼寇逐渐逼近，想保护天子渡过长江，豫章郡公不听。孟昶再三请求。豫章郡公说：“现在重要的藩镇在外倾覆，强贼内逼人心惶惶，没有斗志。如一旦转移，便会土崩瓦解，长江以北哪能保全假使他们能来，不过延缓时间而已。现在兵虽少，还可以一战。如果能取胜，则君臣同庆；如果失败，我将以死报国，陈尸于宗庙之前，实现以身报国的夙愿，不能逃到民间苟活。我的主意决定了，你不要再说了！”孟昶担心不能取胜，就上奏表说：“塑瞪北征，众人都不同意，惟独臣下赞同，致使贼寇钻丁空子，国家危险，是臣下的罪过。现在恭谨地承认过失来向天下道歉。”封上奏表，就吞毒药而死。
于是大设赏赐募兵，投身奔赴义举的，和当年起兵进入画越的条例完全相同。调发民众加固石头城，树立大旗严密戒备。当时议论的人以为应该分兵把守各渡要道。豫章郡公以为：“贼多我少，我们如果分兵把守，人家就会知道虚实。而且一地失利，就影响士气。现在集中在石头越，可随机应变。既使贼寇无法推测人数多少，又不分散军队力量。如果军队逐渐聚集，再慢慢商议。”迁移驻守在石头城，于是在秦淮河设栅栏而截断查递。不久贼军大量到来，豫章郡公预计说：“贼寇如果在新亭径直前进，他们的锋芒不可抵挡，应暂且回避，谁胜谁败还说不定。如果他们回师停泊在西岸，造就一定会被我们擒获了。”
道覆打算从新亭、白石焚烧船只而上岸。卢循多虑而不果断，每事都想万无一失，对道覆说：“大军没到，孟昶就望见风声而自杀，就大势而言，他们自当很快溃败。现在决定胜败于一时，既不是必然的办法，又损伤兵士，不如屯兵等待他们溃败。”豫章郡公这时登上石头城来了望卢循的军队，起初见到他们向新亭进发，豫章郡公回头看左右的入神色不对。不久看到卢循的军队返回停泊蔡洲。道覆还想上岸，卢循禁止他。从此各军不断聚集，加固越城，建筑查浦、药园、廷尉三处营垒，都加强了守卫。冠军将军刘敬宣驻守北郊，辅国将军孟怀玉驻守丹阳郡西，建武将军王仲德驻守越城，广武将军刘怀默驻守在建阳门外。派宁朔将军索邈率领鲜卑带有老虎花纹的战马一千多匹，都披上五色绢，从秦淮河北直到新亭。贼寇围观，都感到畏惧；然而还希望京城和三吴有响应他们的人。派遣十多条战舰来攻石头栅，豫章郡公命令神箭手射击他们，每射都中，卢循于是不再攻栅栏。在南岸设置伏兵，派年老体弱的人全部乘船攻向白石.豫童逊公担忧他们从旦互步行上岸，于是率领刘堑、诸葛长民向北出兵抗拒他们，留下参军徐赤娃戍守南岸，命令他坚守不要出动。豫章郡公离开后，贼寇焚烧查浦步行上岸，赤特的军队战败，死亡的有一百多人。赤特丢卜其余部众，乘一只船渡过秦淮河。贼寇于是率领几万人屯驻丹堕塑。速章郡公率领各军赶回。众人怕贼渡河，都认为逸章郡公应径直返回抵御。豫章郡公先分出军队返回石巫城，众人不知道他的用意。解下枪甲让兵士休息，让他们洗浴进餐，于是出去在直撞列阵，因壶壁违犯部署，杀了他。命令参军褚叔度、朱龄石率领强劲勇敢的兵士一千多人渡过秦淮河。贼寇几千人，都手执长刀长矛，精锐的兵器如曰光闪耀，奋勇争先.龄石所率领的多是鲑卑人，善于用步稍，都结成阵势来等待他们。贼寇的短兵器不能抵抗，死伤的有几百人，因此退走。天黑了，众人也返回。
型堑失败后，型旦主簿基兴厘反叛，占据历历响应贼寇。丛邮内史魏岖之派遣将领邀宣讨伐杀了他。里厘的司马袭击邀昼，妪之不救助而退兵，豫章郡公发怒杀了妪之。顺之，是谜之的弟弟。于是功臣畏惧，不敢不服从命令。
六月，授予豫章郡公为太尉、中书监，加授黄铁。衹接受黄铁，其余则坚辞不受。任命司马尘悦为建威将军、逗州刺史，从塞肠出镇跶。
七月庚申，贼众从蔡洲向南逃跑，返回驻守寻阳。派遣辅国将军王仲德、广太守刘钟、河间太守蒯恩追击他们。豫章郡公回到束府，大力训练水军，都是大楼船，高的有十多丈。卢循派遣他的大将荀林侵犯江陵，桓谦原先从江陵投奔差人，又从羌地进入蜀地，伪主谯纵任命他为荆州刺史。担邀和谯道福率军队二万人，出兵侵犯江堕，恰好和苟林会合，相距一百多里。荆州刺史道规在枝江斩杀桓谦，在江津打败荀林，追赶到竹町杀了他。
当初卢循逃走，豫章郡公知道他必定侵犯江陵，马上派遣淮陵内史索邈率领骑兵从小路援助型州。又派遣建威将军瑟季直率领部众三千人从海路袭击番禺.江州刺史庾悦到达五亩崤，贼寇派遣一千多人占据要地截断娇道，庾悦的前锋鄱醒太守虞丘进出击打败了他们。邀章郡公练兵圆满结束。十月，率领兖史刘藩、宁朔将军檀韶等水军南伐。任命后将军刘毅统领太尉留守府，后方事务都委托给他.
当月，徐道覆率部三万人侵犯江陵。荆州刺史道坦又大败他们，斩首一万多级，道覆逃回盆旦。当初豫章郡公派遣塞邈，塞邀在路途被贼寇拦截，道覆失败后才到达。自从卢循束下，江陵断绝了京城的消息，传言都说京城已沦陷。等到索邈到来，才知道卢循逃走了。
卢妪当初从墓迎南逃，留下他的党羽范崇民五千人，楼船一百多艘，守卫南陵。王仲德等人听说大军将到来，就进攻崇民。十一月，大败崇虽的军队，焚烧他的船舰，招集他失散的兵士。
卢循在广州的守军，不设海防。当月，建威将军孙季高从海上突然到来，而城池险要严整，兵士还有几千人。季高焚烧贼寇的船舰，全力上岸，四面攻打，当就屠灭城池.卢循的父亲乘轻舟投奔始兴。季高安抚他们的旧民众，杀戮他们的亲属党羽，指挥兵士严密防守。当初豫章郡公派遣季高时，众人都以为海路艰险遥远，必难以赶到；而且分散现有兵力，并非必要。豫章郡公不听。下令季高说：“大车在十二月之际，必定打败贼虏。你现在应到广州，捣毁他们的巢穴，使贼寇逃跑的时候，没有地方归附投奔。”季高接受命令而行动，如期取胜。
卢循训练兵士建造舰船，作各种攻打准备。遂童难公有长远打算，于是驻守在雷池.贼寇扬言不攻打雷池，将顺流直下。豫章郡公知道他们想交战，而且担忧贼寇战败，或许从京江入海，就派遣王仲德用水舰二百艘在吉阳拦截他们。十二月，卢循、道覆率领部众几万人，并舟而下，前后相连，站在船头竞看不见船尾。豫章郡公全部出动轻捷的斗舰，亲自提着幡鼓，命令各军合力攻打.又让步兵骑兵在西岸。右军参军庾銮生乘船舰不前进，杀了他示众。于是各军都奋勇争先。军中多有力气大的神箭手，所到之处无不击败贼寇.，豫章郡公在河中督战，由于风向水流的态势，贼寇的战舰全部停泊在西岸。岸上的车队预先准备火器，就投出火种焚烧战舰，火焰冲天，贼军大败，追击到夜晚才返回。卢循等人回到曼胶。起初调用步兵，无不感到奇怪，等到焚烧贼寇战舰，众人才心悦诚服.征召工仲德，请他返回担任前锋。留下辅国将军孟怀玉守卫雷迤.卢妪听说大军向上游进发，打算逃往豫章，就全力设栅栏截断左里。大车到达左里，将要交战，豫章郡公所拿的指挥竿折断，折旗帜沉入水中，众人都奇怪畏惧。豫章郡公欢喜地笑着说：“往年覆舟山的战斗，旗竿也折断，现在又是这样，贼寇必败。”当即攻打栅栏而前进。卢脤的兵士虽然拼命作战，仍然不能阻挡。各军乘胜追击，卢循独自乘船逃跑。所杀和投入水中死去的，共计一万多人。接纳投降者，宽恕被劫掠的人.派遣刘萝、逼怀王率领轻装的军队追击。卢妪收集失散的兵士，还有几千人，径直回到庐州。道覆退回垃兴据守。逊童：郡公从左里胜利而归。天子派遣侍中、黄门到临时住所慰问军队。
可能到达呢我当为旧君服丧退回复里而已。”空之反叛逃走自缢而死。但盘墨对奁担说：“我该到何处去？”高担说：“镇北将军此去必不能幸免，你可随我回亘旦。旦玄确能保守节操侍奉君主，我当和你侍奉他；否则，和你一起图取他。现在正是桓玄矫情用智的时候，必用我们这些人。”桓玄的堂兄桓脩任抚军将军镇守丹徒，委任高祖为中兵参军，军职、郡职照旧。
孙恩自从失败逃亡之后，部众逐渐离散，怕被活捉，就在临海投水而死.残余的部众推举孙恩的妹夫卢循为首领。桓玄想要姑且安宁东部地区，任命卢循为永嘉太守。卢循虽然接受任命，而作乱劫掠不止。五月，桓玄又派遣高祖东征。当时卢循从临海进入东阳。二年正月，桓玄又派遣高祖在束阳打败卢循。卢循逃奔永嘉，高祖又追击打败他，杀死他的大帅张士道，追击讨伐直到晋安，卢循从海上向南逃走。六月，加授高祖为彭城内史。
桓玄做楚王，将谋划篡夺帝位。桓玄的堂兄卫将军桓谦摒退他人询问高祖说：“楚王功高德隆，四海信服。朝廷上下都认为应实行禅让，您以为怎么样？”高祖心中既想图取桓玄，就用恭顺的言语回答说：“楚王是宣武王的儿子，功高一世.晋室微弱，民望早已转移，乘机禅让，有什么不可以？”桓谦高兴地说：“您认为可以，就是真可以了。”十二月，桓玄篡夺帝位，将天子迁到寻阳。桓脩入朝，高祖随同到京城。桓玄见到产祖，对司徒王谧说：“昨天见到刘裕，风度不凡，是人中豪杰。”每次游览集会，都接待殷勤，赠送赏赐很丰厚。高祖更加厌恨桓玄。有人劝桓玄说：“刘裕龙行虎步，气概非凡，恐怕不会甘居人下，应该早作打算。”桓玄说：“我正要扫荡中原，非刘裕不足以托付大事。关中、陇西平定后，然后当另加考虑。”桓玄于是下诏说：“型茔以少数人制服众多的人，屡次摧败妖贼的锋芒。乘船入海穷追猛打，妖贼被歼灭十分之七八。诸将拼命作战，多受重伤。自主帅以下直到将领士兵，都应评定赏赐，来表彰功勋。”
在这之前直担束征卢循，何想星跟随他到达山压，劝说他在盒稽起义。宣担以为但玄还未占据帝位，而且盒稽离京城遥远，事情难以成功，等到艳篡位叛逆的事情显著，慢慢地在塞旦收拾他，不怕不成功。到这时担恺还京，产担假称刀伤发作，不能徒步随从，就和无忌同船一起回京，订下复兴晋国的计策。于是和弟弟道规、沛郡人刘毅、平昌人孟昶、任城人魏咏之、高平人檀凭之、琅邪人诸葛长民、太原人王元德、陇西人辛扈兴、东莞人童厚之一起参与起义。当时桓脩的弟弟桓弘担任征虏将军、青州刺史，镇守广陵。道规任桓弘的中兵参军，孟昶任州主簿。于是派刘毅秘密前往会合孟昶，在长江北聚集部众，计划起兵杀死桓弘。长民任豫州刺史刁逵的左军府参军，谋划占据历阳相互响应。元德、厚之谋划在京城聚集兵马攻打桓玄，并约定期一齐发动。
三年二月己丑初一，乙卯.高祖假托狩猎，和无忌等人聚集起义徒众，同谋的共有何无忌、魏泳之、咏之的弟弟欣之、顺之、檀凭之、凭之的侄儿檀韶、檀韶的弟弟檀祗、檀隆、道济、道济的堂兄范之、高祖的弟弟道怜、刘毅、刘毅的堂弟刘藩、孟昶、孟昶的远房弟弟怀玉、河内人向弥、管义之、陈留人周安穆、临淮人刘蔚、堂弟珪之、东莞人臧熹、堂弟宝符、侄儿穆牛、童茂宗、陈郡人周道民、渔阳人田演、谯国人范清等二十七人；愿意跟从的有一百多人。丙辰，清晨，城门打开，无忌穿着传达诏令的服装，念诏命走在前面。起义的人奔驰进城，齐声大叫，官吏兵上惊讶逃散，不敢行动，当即斩桓脩示众。高祖哭得很悲伤，对桓脩厚加收殓。孟昶劝说桓弘当天出城狩猎。天未亮打开城门，放出狩猎的人，孟昶、道规、刘毅等人率领壮士五六十人利用开门时径直冲入官府。桓弘正在喝粥，当即杀死他，随之聚集部众渡过长江。
起义军刚攻克京城，桓脩的司马刁弘率领文武佐吏前来奔赴。高祖登上城头对他们说：“郭型业已拥戴皇上在寻阳重登帝位，我们都接受秘密的韶书，诛杀叛逆的党羽，在今同时发动。贼人担玄的首级，当已在大航示众了。各位不是太置的臣属吗，现在来想做什么？”刁弘等人相信了这些话，集合部众退走。刘毅到达后，高祖令他杀刁弘。
里邀的哥哥刘逼原先在京城，事情发动前几天，高祖派遣同谋的人周安穆告诉他，让他做内应。刘迈外表上虽然许诺，内心很害怕。安穆见他惶恐，顾虑事情必会泄露，就飞奔返回。当时桓玄任命刘迈为竞陵太守，刘迈不知该怎么做，就上船想到郡中。这天夜间，桓玄给刘迈写信说：“比府人心如何？你近来见到刘裕讲了些什么？”刘迈以为桓玄已经知道了密谋，早晨起来便去报告。桓玄震惊畏惧，封刘遇为重安侯；不久嫌刘逋没有捉住安穆，使安穆得以逃走，就杀丁刘迈。诛杀元德、扈兴、厚之等人。召桓谦、卞范之等人谋划抗拒高祖。桓谦等人说：“马上派兵攻打他们。”桓玄说：“不能这样。他们的兵士行动快，不怕死.如果派遣水军，不足以抗衡，假使有闪失，则他们的气势形成而我们的事情就失败了。不如在覆舟山驻扎大军来等待他们。他们凭空行走二百里，没有动手，锐气已受挫，到达之后，忽然遇见大军。必定惊恐。我们屯兵不动加固阵势，不同他们交锋，他们寻求作战而不能达到，自然四散逃跑。这是上等的计策。”桓谦等人坚决请求，才派遣顿丘太守吴甫之、右卫将军皇甫敷向北抗拒起义军。
桓玄自从听说军队起事，就忧虑恐惧不知如何是好.有人说：“刘裕等人兵力很小，哪能起事成功，陛下何必如此担忧？”桓玄说：“刘裕足以成为一代的英雄；刘毅家无担石存粮，赌博却一掷百万；坦叁昼是刘生之的外甥，很像他的舅父。共举大事，哪裹能说不能成功？”
众人推举宜砠为盟主，向京城发布文告，说：治乱交替出现，没有永久的太平，贼寇作乱，往往发生在太平之时。自我大晋，厄运屡次出现，隆安年间以来，祸难连结于皂室，忠臣死在虎口中，良亡死在豺狼之手。叛臣驻欺凌人鬼，拥兵于荆州郢州，在京城恣意暴虐。上天没有除去祸难，凶党繁茂兴盛，一年之间就倾覆皇位。主上流亡.到了非人生活之处，帝位陷落，七庙毁灭。题有鲤、堕，选有妓、垄，和但玄相比，还嫌不足。自从桓玄篡位，到现在已经一年，天早连年，民众没有生机。加上官吏民众为运输而疲劳，文官武将为建筑而受困，父子分离，家庭四散，岂衹是大东有妇女的悲伤，标梅有尽其所有的征收啊？仰观天体运行，俯家人间事务，这如果能长久，谁还会灭亡？凡是有良心的人，谁不惋惜？这是刘裕等人所以痛苦之极，不能安居的原因。所以晚睡早起，表彰忠良，聚于崎岖道路，危险超过践踏虎尾。辅国将军刘毅、广武将军何无忌、镇北主簿孟昶、兖州主簿魏咏之、宁远将军刘道规、龙骧将军刘藩、振威将军檀凭之等人，其忠烈可以断金，其精诚可贯曰月，手执兵器奋起，决心为国捐躯。益州刺史毛璩，万里同心，扫荡荆楚。江州刺史郭昶之，迎接主上，在寻阳建立宫室。镇北参军王元德等人，都率领部属，据守石头。扬武将军诸葛旦匡，招集正义之士，已经占据历阳。征虏参军庾迹之等人，暗中集结，作为内应。同心协力，各地蜂拥而起，当日斩伪徐州刺史室蝈王但篮、壹业刺史旦弘的首级。起义兵众集合后，文武官员奋勇争先。都认为没有统一调度，事情就不能成功。刘裕迫不得已，总领军中要务.希望上凭祖宗的威灵。下尽义士的力量，剪除叛逆，肃清京城。
公侯诸君，有的世代忠贞，有的身受爵宠，却都向狡猾的小人低头，效命无路，观望周伐大道，难道不悲伤吗？现在起事，实在正是机会。刘裕德行薄弱，才能不及古人，获掌已经践履的枢要，受任于国运衰颓之时。赤诚的心没有表达，感慨激愤，望云霄而咏叹，望山川而增添斗志。发布檄文的时候，心思已奔向贼寇的朝廷。
任命逼赵为长史，总领后方事务；檀凭之担任司马.百姓愿意跟从的有一千多人.
三月戊午初一，在江乘遭遇吴甫之。甫之，是桓玄骁勇的将领，士卒精锐。高祖亲自手执长刀，大声呼喊着冲击他们，甫之的部众都望风披靡，当即斩杀甫之。进军到罗落桥，皇甫敷率领几千人迎战。宁远将军檀凭之和高祖各率一队人马，凭之战败而死，他的部下逃散。高祖上前交战越发勇猛，前后冲击，很快打败桓玄的军队，当即斩下皇甫敷的首级。当初高祖和何无忌等人共同确立大计，有善于看相的人看高祖和无忌等人都会大贵，应验很切近，惟独说凭之没有富贵相。高祖和无忌互相秘密地说：“我们既是同舟共济，道理上不能大有差异。我们都当富贵，那么檀凭之不应独自不同。”很不理解看相者的话。到逭时凭之战死，高祖知道事情必定成功。
桓玄听说皇甫敷等人战死，更加畏惧。派桓谦驻守东陵口，卞范之驻守覆舟山西面，部众共二万人、、己未早晨，起义军进餐完翠，抛弃剩余的粮食，推进到覆舟山东面，派乞丐在山上竖起旗帜，作为疑兵。桓玄又派遣武骑将军庾帏之，配备精锐的兵士锋利的兵器，协助桓谦等人。高担身先士卒冲击他们，将领士兵都拼死作战，无不以一当百，呼喊声震动天地。当时东北风猛烈，高祖因而下令放火，烟火冲天，鼓噪的声音震撼京城.桓谦等各军，一时之间上崩瓦解。桓玄开始虽然派兵布阵，而逃走的主意已定，另外派遣领军将军殷仲文在石头城准备船只，随即带领子侄渡江向南逃跑。
庚申，高祖镇守石头城，确立留台官员，在宣阳门外烧了桓温的牌位，造晋国的新牌位立在太庙中？派遣将帅追击桓玄，尚书王嘏率领百官迎接皇帝。司徒王谧和众人商议推举高祖兼任扬州刺史，宣担坚决推辞.于是任用王谧为录尚书事，兼挝州刺史。这时推举高祖为使持节、都督扰强查逸直冀幽甚八州诸军事、领军将军、徐州刺史：此前朝廷继承晋氏的混乱政局，百官放纵，但直虽想整顿，而众人不从。高祖以身作则，威镇内外官员，百官都严肃地履行职责，二三口之间，风俗大变。而且桓玄虽然足以英雄豪杰受到推举。而一旦拥有帝位，置压四方的刺史郡守和在朝的大臣，都尽心侍奉，君臣的名分确定了.产担在朝中地位低，部属不足五百人，起自民间，倡导大义恢复皇位。因此玉遥等各人这时失去民心，无不惭愧而畏惧。
诸葛长民延误时间未能发动，刁逵捉住他押送入京，没有到京城而桓玄已败。
桓玄经过寻阳，江州刺史郭昶之备齐皇帝车辆器物资助他。桓玄招募二千多人，挟持天于逃到江陵。冠军将军刘毅、辅国将军何无忌、振武将军刘道规率领各军追击讨伐。
尚书左仆射王愉、王愉的儿子荆州刺史王绥等人，是江左的名门望族。王绥年轻时有大名声，因壶担出自于平民，很轻视他。王绥，是桓压的外甥，也有自我疑虑的心思。高祖全部杀了他们。
四月，奉武陵王司马遵为大将军，秉承皇帝之命便宜行事。大赦天下，衹有与桓玄同祖者例外。
当初壶趄家中贫穷，曾经欠刁逵的社钱三万，长时间不还。卫达捉住他逼债，王谧造访刁逵时见到这件事，暗中代还丁钱，高祖因此得释。直担名声小地位低，名流都不同他相交往，惟独王谴同他交往。桓玄将要篡位，王谧亲手解下圭壶的玉玺丝带，成为桓玄的辅佐功臣。等到起义旌旗树起，众人都说王谧应该诛杀，惟有高担保护他。型塑曾利用朝廷集会，询问王谧玉玺丝带在何处，王垄更加害怕。等到王愉父子被杀，王谧的堂弟王谌对玉锤说：“王鲍没有罪过，而起义军杀了他，这是铲锄超过自己的人，来断绝民众的希望。兄长既是桓氏党羽，名声地位如此高，想求免死能达到吗？”王驹是王愉的小名.：王垄畏惧，逃到迪阿。直担上书大将军，极力保护王谧，迎接他官复原职。光禄勋卞承之、左卫将军撞塞、游击将军]壁昼役使官府人员，被御史中丞王祯之纠察，道歉的文书中言辞充满怨恨愤怒.丞之到司宜藏。高祖给大将军送呈文书，禀报“褚粲等人处于大臣之位，想法必合情理。别人执法不公，自应据理陈述，然而却心怀怨恨，把过错归到有关部门。对此应加以制裁，以明法度”把褚粲等人都免除宫职。
桓玄哥哥的儿子桓歆，聚众向历阳进发，高祖命令辅国将军诸葛长民出击打退了他。无忌、道规在桑落洲打败桓玄的大将郭铨等人，各军前进占据寻阳。加授高祖为都督江州诸军事。桓玄回到塑业呈幽后，大量聚集兵马，征召水军制造战船、器械，率领军队二万人，挟持天子从江堕出发，从昼辽东下，同冠军将军刘毅等人在峥噬洲相遇，各军下船出击，大败桓玄。桓玄抛下部众，又挟持天子返回江陵。桓玄的同党殷仲文侍奉置鱼二位皇后回到京城。桓玄到达江陵，随即向西逃跑。南郡太守王腾之、荆州别驾王康产侍奉天子进入南郡官府。起初征虏将军、益州刺史王壁，派遣堂孙违之和参军费垣护送弟弟的霞柩束下，有兵士二百人。毛璩弟弟的儿子脩之当时任旦玄的屯骑校尉，诱骗但玄入蜀。到达枚回泌，壹区和违之迎上前射击桓玄。益州督护冯迁斩下旦玄的首级送到京城。又在江陵街市斩杀桓宣的儿子但昼。
当初担玄在峻哩迦失败，起义军以为大事已定，追击不力.但玄死后将近十天，各军还没到。担玄的侄儿担面逃到楚容的通主，招集叛党几千人，清晨袭击江陵城，居民竞相出城投奔他。跶之、屋产都被杀害。桓谜原先躲藏在沮贝，也聚集部众来响应.桓振为桓玄发丧，设立治丧场所。逗谌率领众官员把玉玺丝带献给安壶。翅昼、道趄到达毖后，同旦面在灵选交战。但玄的党羽迈谴在扰挞设下埋伏，起义军失败逃奔，退回寻阳。
查州刺史圭垦有二心。遇北青州刺史刘该反叛，主星请求征讨刘茵，停驻在淮阴，又反叛。芒星的长史羊穆之斩杀芝虽，传送首级到京城。十月，壶担兼任壹州刺史。率仪仗一百人进殿。
曲各军又进军驷。曲攻打铋，龃攻打偃月垒，都攻下来了。十二月，各军前进平定旦座。
义熙元年正月，刘毅等人到达江津，打败桓谦、桓振，江陵平定，天子重归帝位。三月，天子从江陵归来。下韶说：古人说首先是天地，其次是君臣，所以天上有曰月星辰，神入互相交替，道理起源于蒙昧时代，而行于万代。所以满亏相继出现，四种灵物贯通其中变化，王道有时衰落，忠臣贤士拯救危难，天命因此不变，人心因此和顺。虽然夏朝、周朝中途倾覆，依赖靡、申的功绩，莽、伦窃位，维护二代。有的凭藉声望依靠名号，有的业绩隆盛于后世，诗经尚书因之歌咏，史册传为美谈。没有利用真心安抚民众，而真诚发出循理响应，扶持帝位于已沉沦之时，如当今这样强盛的。
我以薄德弱才，遭遇家族不幸，父母之丧刚过，又遇时运艰难。叛臣桓玄，乘机恣意作恶，凶残暴虐，罪恶滔天扰乱华夏。欺骗大众神明，肆意篡位作乱。祖宗的基业埋没，七庙的祭祀断绝，犹如坠入深渊山谷，还不足以譬喻。
维护晋朝，天纵英才，使持节、都督扬徐兖豫青冀幽并江九州诸军事、镇军将军、徐青二州刺史，忠诚如上天般明朗，神明英武著名于当代，以此能贤士协同，义士响应。所以归顺的声音一发出，南海北海卷起波涛，英武的风暴震撼道路，京城肃清阴暗.及至冠军将军刘毅、辅国将军无忌、振武将军道规，战船旌旗急进，而元凶的首级传送，回师挥舞旌旗，荆山、汉水廓清。使宣帝、元帝的国运，如嵩山、岱山永远坚固，倾覆的根基重新构造，再度集中于我身上。宗庙享受七百年的福祉，基业融入崭新的天命。思念这些功勋德行，永远铭记心中。本来已是道德高于开天辟地以来，超绝于千古，有文字记载以来，从前没有听说过。虽然功高无以复加，至理难以表述，而崇尚功勋褒扬德行，英明君主将其放在首的原因，当是用以弘扬道德控制政治，深切关涉到盛衰。所以伊尹、吕望受到特殊的赐予，齐桓公、晋文公享有完备的礼仪，何况宏大的征验旷代难出，回顾百代难有匹敌的人呢。应该用尽名号器物的隆重，来昭明大国的盛典。然而镇军将军谦虚发自内心，诚恳的心意屡次显明，我难以违忤仲父，如此镇军将军更显得德行美好。镇军将军可升任侍中、车骑将军、都督中外诸军事，使持节、途直二州刺史照旧。显著赐予大国，开拓境土。
区型坚决推让。加授绿尚书事，又不接受，屡次请求回到封地。天子不准，派百官劝告，又亲自前往高祖宅第。高祖惶恐前往宫廷陈述，天子不改变他的主意。这个月，高祖返回镇守丹硅。天子重新派遣大使劝说，高祖又不接受。于是改授为都督荆、司、梁、益、宁、雍、凉七州，加上从前为十六州诸军事，原官照旧不变。这时壶担受命解除直业刺史职位，另兼任兖州刺史。
卢妪从海上乘船攻下广州，擒获刺史吴隐之。当即任用卢循为卢州刺史，任用他的同党徐道覆为始兴相。
二年三月，都督交、广二州。十月，高祖上疏说：“往昔上天降罪皇室，大奸贼篡位，臣下等人在道义上是旧臣属，早蒙国家恩典，上契合诚信归附的符命，下激励臣子的义愤，虽然是国家的福分，也是由众人之力。应奖掖忠诚勤奋的佐吏，尽力而为的文武之士，宣扬主上的谦恭，以免有损国家典章制度现先行申报所统领各军，共同谋划发起义举，开始平定京、广陵二城，有臣下和抚军将军刘毅等二百七十二人.以及随后奔赴大义到京城沿途大战，上述人员外余下的有一千五百六十六人，另有辅国将军长屋、已故给事中王元德等十人，合计一千八百四十八人，请求正式封授赏赐。西征的各军，待评定后陆续上报。”于是尚书上奏封倡导大义的主谋镇军将军型茔为豫章郡公，食邑一万户，赐绢三万匹。其余封爵赏赐多少不等。镇军将军府的佐吏，低于从前太傅谢安府一个等级.
十一月，天子重申前令，加授高祖为侍中，升为车骑将军、开府仪同三司。高祖坚决推辞。天子诏令派遣百官劝说.
三年二月，高祖回到京城，将要前往廷尉，天子预先诏令狱官不予受理。高祖前往宫廷陈述，方得准许。高祖回到丹徒。
闰月，府中将领骆冰作乱，将要被捉，单人匹马逃跑，被追上斩杀。诛杀骆冰的父亲永嘉太守竖球。骆球本来是东阳郡吏，孙恩之乱时，他在长山起义，所以被提拔。当初桓玄失败，因桓冲忠诚坚贞，任用他的孙子桓胤。到这时骆冰图谋以桓胤为君主，和东阳太守殷仲文暗中互相联合。于是诛杀仲文和仲文的两个弟弟.凡是桓玄的余党，至此全被杀掉.
天子派遣兼太常葛籍授予豫章郡公策书说：“直尘罪恶滔天，裹翌乘机作乱，扰乱节度干犯法纪，削弱王室。贼臣桓玄，恃宠叛逆，摧垮华山、霍山，倒拔嵩山、泰山，铲平五岳，天地四方改变。公才华盖世天赋英武，怀才等待时机，发自内，誓洗国家耻辱，愤慨衰微，日夜抒发诚意。不久岁月流逝，帝位失去多时，心怀忠孝暗中寄托，沟通天地人。不改节操遏制凶残，倡导者和响应者一同起事，向苍天申诉正道，指挥起义军而驱驰。前锋几百人，势如闪电，百万人马不能抗衡，夺路逼近京城。于是使大恶之人溃败，暴死于昼红莲丞中，谋略遥远地发出，浓密的凶气被荡涤，天地澄清，日月星辰照耀，事迹传扬千古，功高于古今，道理上难以述说，大义感动我的心。为救济自身而实行道义，还受到封爵，何况是诚意德行都深厚，功勋高于天人呢？因而建立邦国，山河水固，此言出自肺腑，何足为报。努力吧保障我一人，永久保佑晋朝，流传后世，传诸永久。可抑制心志接受美好的策封，应答我的诏命。”
十二月，司徒、绿尚书事、扬州刺史王谧逝世。
四年正月，召豫章郡公入朝辅政，授侍中、车骑将军、开府仪同三司、扬州刺史、录尚书事，徐兖：二州刺史照旧。豫章郡公上奏解除兖州刺史职位。在这以前派遣冠军将军刘敬宣讨伐蜀地贼寇谯纵，无功而回。九月，因敬宣受挫退却，请求退位，未获批准。于是降为中军将军，开府照旧.
当初伪燕王鲜卑人慕容德在青州僭越称帝，慕容德死去，其哥哥的儿子慕容超继位，前后接连成为边境的祸患。五年二月，大肆掳掠淮水以北，活捉阳干太守刘干载、济南太守赵元，掠走一千多家。三月，豫章郡公上奏北伐，委任丹阳尹孟昶督察中军留守府事务。四月，水军从京城出发，溯淮水入泅水.五月，到达下邳，留下船舰车辆等，率步兵进军琅邪。所过之处都筑城留人守卫。鲜卑的梁父、莒城两个城堡的敌人都四散逃跑。
慕容超听说朝廷军队将要到来，他的大将公孙五楼劝说他：“应该占据左蛆，把庄稼全部割掉，坚壁清野等待他们。他们远来没有物资。寻求作战而办不到，一月之后，我们就可以出击痛打他们了。”慕容超不听，说：“他们远道而来很疲劳，势必不能持久，衹应引诱他们越过大岘，我们用铁甲骑兵出击，不愁不能击败。哪有先毁掉庄稼，白行削弱的呢？”当初豫章郡公将出征，议论的人以为贼寇听说大军速出，必定不敢交战，如不截断大岘，也当坚守广固，坚壁清野，以断三军的用度，不仅难以取胜，还将不能返回。豫章郡公说：“我已经揣摩透了。鲜卑人贪婪，没有长远计划，进军贪图攻城捕获，退兵顾惜谷粟禾苗.会以为我们孤军深入，不能坚持长久，他们不过向前占据临朐，后退守卫广固.我车一进大蛆，就没有后退的心意，指挥拼命作战的部众，攻向有二心的敌寇，何必担忧不能攻克？他们不能收藏物资固守大岘，我可为各位打包票。”豫章郡公进入左蛆后，举起手指向上天说：“我们的事情成功了！”
六月，慕容超派遣互撞和尘堑塑曲卢预先占据临朐城。听说大军到达后，留下体弱年老的人守卫庐厘，于是全部出动。临朐有一条巨蔑水，离城四卜里。慕容超告诉五楼说：“赶紧前去占据，晋军得到河流，就难以攻打了。”五楼飞奔前进。龙骧将军孟龙符率领骑兵在前面，奔跑前去争夺巨蔑水，五楼于是退走。
各军步行前进，有战车四千辆，分为两行，并排推进，车都挂上幔子，驾车的人手拿长矛.又派轻装的骑兵为游动部队。军令严明，队伍整齐。离临朐衹有几里路的时候，贼寇骑兵一万多人从前后交相赶来。豫章郡公命令兖州刺史刘藩、弟弟并州刺史道怜、谘议参军刘敬宣、陶延寿、参军刘怀玉、慎仲道、索邈等人，协力攻打他们。太阳偏西，豫章郡公派遣谘议参军檀韶赶往临朐。檀韶率领建威将军向弥、参军胡藩奔驰前往，当天攻下城池，砍断他们的军前大旗，全部缴获慕容超的军用物资。慕容超听说临朐已被攻下，带领部众逃跑，豫章郡公亲自击鼓，贼寇于是逃奔。慕容超逃回广固。这一战缴获慕容超的马匹、车辆、玉玺、豹尾等等，送回京城。杀掉慕容超的大将段晖等十多人，杀死俘获其他人等数以千计。
次日，大军推进到广固，常即屠灭大城，慕容超退守到小城中。于是设置长围墙来守卫，围墙高三丈，外面挖了三条沟。停止长江、淮水的转运，在齐地食用当地谷粟。安抚投降归附者，华人戎人欢天喜地，依据才能授予爵位，随之加以任用。七月，诏令加授豫章郡公为北青、冀二州刺史.慕容超的大将垣遵、垣遵的弟弟垣茁都率领部众归顺。豫章郡公正修造攻城器械，城头上的人说：“你们得不到张纲，哪能有作为呢？”张纲，是慕容超的尚书郎，这人有精巧的构思。正遇摹容超派遣张翅向挑兴称臣，请求出兵救助。姚兴假装答应他，而实际上畏惧豫章郡公，不敢派出军队。张纲从长安返回，泰山太守申宣抓住后送给豫章郡公。就把张纲弄到战车上，给城内人看，城内的人无不害怕。于是让张纲大量修造攻城器械。慕容超求救办不到，张纲反倒被捉，变得忧愁畏惧起来。就请求向晋国称臣，割让左蛆作为边界，献马一千匹。豫章郡公不依，围攻更急迫。黄河以北的民众带兵器背粮食到来的，每曰数以千计。
录事参军刘穆之，有谋划之才，豫章郡公把他作为主要谋士，各项活动必向他咨询。这时姚兴派遣使者告诉豫章郡公说：“慕容氏现和我国相邻和好，因走投无路告急，现在将派遣骑兵十万人，径直占据洛阳。晋军如不撤退，我国就将派遣骑兵长驱直入。”豫章郡公呼唤姚兴的使者回答说：“告诉你们的姚兴，我平定燕国之后，休养军队三年，将平定关中、洛阳。现在自己送死，可以快来。”穆之听说有羌人使者，急速进去，而豫章郡公打发使者已离开了。豫章郡公把姚兴的话以及自己的回答，都说给穆之听。穆之责备豫章郡公说：“平曰事情无论大小，必定使我参与谋划。这件事应该妥善周详，为什么仓促地回答？公所回答姚兴的话，不能威吓敌人，衹足以激怒他而已。如果燕国不能攻下，羌人的救兵突然到来，不知如何对待他们？”豫章郡公笑着说：“这是军事机密，你不理解，故不先告诉你。兵贵神速，他们如真能派遣救兵，必定害怕我们知道，哪能先派遣使者？这是他们看到我们讨伐垄玺，内心已怀有畏惧，为自己打气的话而已。”
九月，升豫章郡公为太尉、中书监，坚决推让。伪途业刺史昼塞原先投奔索虏，十月，从河北前来归附。
退网修造攻城器械完成，施设各种奇妙巧思，飞楼木幔之类，无不齐备。城头上的火石弓箭无法使用。六年二月丁亥，屠减广固。慕容超翻过城墙逃跑，被征虏贼曹乔胥擒获，杀死他的王公以下官员，没收人口一万多，马二千匹，押送摹查超到京城，在建鏖集市斩首。
豫章郡公北伐时，徐道覆便有窥伺之意，劝鲻乘虚出兵，龃不听.面就到曲劝龃说：“你一向住在五岭以南，不是理该如此。衹是因刘公难以与你为敌的缘故。现在刘公正调集军队到坚固的城池之外，不知何时才能回师。以此思念家乡敢于拼命之兵，袭击何无忌、刘公，取胜易如反掌。不趁这个时机而保一时的平定，如刘公平定齐地之后，稍微休养军队，不过一二年时间，必定用玺书征召您。如果刘公自己率领部众到豫章，派遣精锐部队越过五岭，即使将军神明英武，也恐怕必然不能抵挡。今日的机会，千万不可失去。攻下京城后，倾覆了他们的根基，刘公虽然返回，也没有办法了。”卢循听从他的意见，于是率领部众越过五岭。当月，侵犯南康、庐陵、豫章，各郡太守都弃官而逃。这时平定齐地的消息没有送到，就急速派使者征召豫章郡公。豫章郡公最初攻克齐地时，想停下镇守下邳，肃清黄河、洛水随之征召的使者到来，当天率军回朝。
镇南将军何无忌和徐道覆在豫章交战，大败，面墨被杀。内外官员震惊畏惧。朝廷想陪皇帝向北逃跑到豫章郡公处，不久得知贼寇确实没到达，人心稍微安定。豫章郡公到下邳，用船运输军用物资，自己率领精锐部队步行返回。到达丛厘，听说翅垦被杀，就担心京城失守，于是收起兵器夜赶路，和几十人到达淮水边，向行人询问朝廷消息。行人说：“贼寇还没到，刘公如返回，就没有什么忧虑了。”豫章郡公大喜，单船渡过长江，径直到达京口，众人于是大为安心。四月癸未，豫章郡公到达京城，解除戒严休养军队.
抚军将军刘毅上表向南征讨，豫章郡公给刘邀写信说：“我往日多次攻打贼人，知道他们的变化，他们刚刚获胜，不可轻视。应等我装备完毕，和弟弟一同出兵。”又派遣刘毅的堂弟刘藩前去劝阻他。塞邀不听，率水军二万人，从姑孰出发。卢循开始束下时，派道覆攻向寻阳，自己侵犯挝丞地区各郡。曲蛆刺史这想派遣军队到长逆，被鲎妪打败。卢握径直到达毋陵，将攻向江陆。道覆听说刘塑攻向上游，急派使者报告卢循说：“刘堑的军队很强，成败在此一战，应该合力打败他。如果造一战取胜，天下就不再有事了。根基平定后，不担忧上游不能平定。”卢循当天从旦陆出发，和j塑旌旗相连而东下。另外有八艚舰九艘，各四层，高十二丈。豫章郡公因南部疆域沦陷，上交印绶辞职，未获批准。五月，刘毅在桑落洲大败，抛下船舰步行逃去，其余逃不掉的部众都被贼寇所擒。
当初卢循到达寻阳，听说豫章郡公已回，不相信。打败刘毅后，确知豫章郡公已得胜回朝，都相顾失色。卢循想退回寻阳，进军平定江陵，占据二州来对抗朝廷。道覆以为应该乘胜推进，坚决地争辩。疑惑商议了多天，道覆的意见才被听从。
刘毅失败的消息传到，内外动荡不安。这时北方的军队刚返回，多受创伤疾病。京城的战士，不过几千人。贼寇攻下江州、豫州二镇，战士十多万，船舰车辆绵延百里.失败逃回的人都说他们强盛。孟昶、诸葛长民畏惧贼寇逐渐逼近，想保护天子渡过长江，豫章郡公不听。孟昶再三请求。豫章郡公说：“现在重要的藩镇在外倾覆，强贼内逼人心惶惶，没有斗志。如一旦转移，便会土崩瓦解，长江以北哪能保全假使他们能来，不过延缓时间而已。现在兵虽少，还可以一战。如果能取胜，则君臣同庆；如果失败，我将以死报国，陈尸于宗庙之前，实现以身报国的夙愿，不能逃到民间苟活。我的主意决定了，你不要再说了！”孟昶担心不能取胜，就上奏表说：“塑瞪北征，众人都不同意，惟独臣下赞同，致使贼寇钻丁空子，国家危险，是臣下的罪过。现在恭谨地承认过失来向天下道歉。”封上奏表，就吞毒药而死。
于是大设赏赐募兵，投身奔赴义举的，和当年起兵进入画越的条例完全相同。调发民众加固石头城，树立大旗严密戒备。当时议论的人以为应该分兵把守各渡要道。豫章郡公以为：“贼多我少，我们如果分兵把守，人家就会知道虚实。而且一地失利，就影响士气。现在集中在石头越，可随机应变。既使贼寇无法推测人数多少，又不分散军队力量。如果军队逐渐聚集，再慢慢商议。”迁移驻守在石头城，于是在秦淮河设栅栏而截断查递。不久贼军大量到来，豫章郡公预计说：“贼寇如果在新亭径直前进，他们的锋芒不可抵挡，应暂且回避，谁胜谁败还说不定。如果他们回师停泊在西岸，造就一定会被我们擒获了。”
道覆打算从新亭、白石焚烧船只而上岸。卢循多虑而不果断，每事都想万无一失，对道覆说：“大军没到，孟昶就望见风声而自杀，就大势而言，他们自当很快溃败。现在决定胜败于一时，既不是必然的办法，又损伤兵士，不如屯兵等待他们溃败。”豫章郡公这时登上石头城来了望卢循的军队，起初见到他们向新亭进发，豫章郡公回头看左右的入神色不对。不久看到卢循的军队返回停泊蔡洲。道覆还想上岸，卢循禁止他。从此各军不断聚集，加固越城，建筑查浦、药园、廷尉三处营垒，都加强了守卫。冠军将军刘敬宣驻守北郊，辅国将军孟怀玉驻守丹阳郡西，建武将军王仲德驻守越城，广武将军刘怀默驻守在建阳门外。派宁朔将军索邈率领鲜卑带有老虎花纹的战马一千多匹，都披上五色绢，从秦淮河北直到新亭。贼寇围观，都感到畏惧；然而还希望京城和三吴有响应他们的人。派遣十多条战舰来攻石头栅，豫章郡公命令神箭手射击他们，每射都中，卢循于是不再攻栅栏。在南岸设置伏兵，派年老体弱的人全部乘船攻向白石.豫童逊公担忧他们从旦互步行上岸，于是率领刘堑、诸葛长民向北出兵抗拒他们，留下参军徐赤娃戍守南岸，命令他坚守不要出动。豫章郡公离开后，贼寇焚烧查浦步行上岸，赤特的军队战败，死亡的有一百多人。赤特丢卜其余部众，乘一只船渡过秦淮河。贼寇于是率领几万人屯驻丹堕塑。速章郡公率领各军赶回。众人怕贼渡河，都认为逸章郡公应径直返回抵御。豫章郡公先分出军队返回石巫城，众人不知道他的用意。解下枪甲让兵士休息，让他们洗浴进餐，于是出去在直撞列阵，因壶壁违犯部署，杀了他。命令参军褚叔度、朱龄石率领强劲勇敢的兵士一千多人渡过秦淮河。贼寇几千人，都手执长刀长矛，精锐的兵器如曰光闪耀，奋勇争先.龄石所率领的多是鲑卑人，善于用步稍，都结成阵势来等待他们。贼寇的短兵器不能抵抗，死伤的有几百人，因此退走。天黑了，众人也返回。
型堑失败后，型旦主簿基兴厘反叛，占据历历响应贼寇。丛邮内史魏岖之派遣将领邀宣讨伐杀了他。里厘的司马袭击邀昼，妪之不救助而退兵，豫章郡公发怒杀了妪之。顺之，是谜之的弟弟。于是功臣畏惧，不敢不服从命令。
六月，授予豫章郡公为太尉、中书监，加授黄铁。衹接受黄铁，其余则坚辞不受。任命司马尘悦为建威将军、逗州刺史，从塞肠出镇跶。
七月庚申，贼众从蔡洲向南逃跑，返回驻守寻阳。派遣辅国将军王仲德、广太守刘钟、河间太守蒯恩追击他们。豫章郡公回到束府，大力训练水军，都是大楼船，高的有十多丈。卢循派遣他的大将荀林侵犯江陵，桓谦原先从江陵投奔差人，又从羌地进入蜀地，伪主谯纵任命他为荆州刺史。担邀和谯道福率军队二万人，出兵侵犯江堕，恰好和苟林会合，相距一百多里。荆州刺史道规在枝江斩杀桓谦，在江津打败荀林，追赶到竹町杀了他。
当初卢循逃走，豫章郡公知道他必定侵犯江陵，马上派遣淮陵内史索邈率领骑兵从小路援助型州。又派遣建威将军瑟季直率领部众三千人从海路袭击番禺.江州刺史庾悦到达五亩崤，贼寇派遣一千多人占据要地截断娇道，庾悦的前锋鄱醒太守虞丘进出击打败了他们。邀章郡公练兵圆满结束。十月，率领兖史刘藩、宁朔将军檀韶等水军南伐。任命后将军刘毅统领太尉留守府，后方事务都委托给他.
当月，徐道覆率部三万人侵犯江陵。荆州刺史道坦又大败他们，斩首一万多级，道覆逃回盆旦。当初豫章郡公派遣塞邈，塞邀在路途被贼寇拦截，道覆失败后才到达。自从卢循束下，江陵断绝了京城的消息，传言都说京城已沦陷。等到索邈到来，才知道卢循逃走了。
卢妪当初从墓迎南逃，留下他的党羽范崇民五千人，楼船一百多艘，守卫南陵。王仲德等人听说大军将到来，就进攻崇民。十一月，大败崇虽的军队，焚烧他的船舰，招集他失散的兵士。
卢循在广州的守军，不设海防。当月，建威将军孙季高从海上突然到来，而城池险要严整，兵士还有几千人。季高焚烧贼寇的船舰，全力上岸，四面攻打，当就屠灭城池.卢循的父亲乘轻舟投奔始兴。季高安抚他们的旧民众，杀戮他们的亲属党羽，指挥兵士严密防守。当初豫章郡公派遣季高时，众人都以为海路艰险遥远，必难以赶到；而且分散现有兵力，并非必要。豫章郡公不听。下令季高说：“大车在十二月之际，必定打败贼虏。你现在应到广州，捣毁他们的巢穴，使贼寇逃跑的时候，没有地方归附投奔。”季高接受命令而行动，如期取胜。
卢循训练兵士建造舰船，作各种攻打准备。遂童难公有长远打算，于是驻守在雷池.贼寇扬言不攻打雷池，将顺流直下。豫章郡公知道他们想交战，而且担忧贼寇战败，或许从京江入海，就派遣王仲德用水舰二百艘在吉阳拦截他们。十二月，卢循、道覆率领部众几万人，并舟而下，前后相连，站在船头竞看不见船尾。豫章郡公全部出动轻捷的斗舰，亲自提着幡鼓，命令各军合力攻打.又让步兵骑兵在西岸。右军参军庾銮生乘船舰不前进，杀了他示众。于是各军都奋勇争先。军中多有力气大的神箭手，所到之处无不击败贼寇.，豫章郡公在河中督战，由于风向水流的态势，贼寇的战舰全部停泊在西岸。岸上的车队预先准备火器，就投出火种焚烧战舰，火焰冲天，贼军大败，追击到夜晚才返回。卢循等人回到曼胶。起初调用步兵，无不感到奇怪，等到焚烧贼寇战舰，众人才心悦诚服.征召工仲德，请他返回担任前锋。留下辅国将军孟怀玉守卫雷迤.卢妪听说大军向上游进发，打算逃往豫章，就全力设栅栏截断左里。大车到达左里，将要交战，豫章郡公所拿的指挥竿折断，折旗帜沉入水中，众人都奇怪畏惧。豫章郡公欢喜地笑着说：“往年覆舟山的战斗，旗竿也折断，现在又是这样，贼寇必败。”当即攻打栅栏而前进。卢脤的兵士虽然拼命作战，仍然不能阻挡。各军乘胜追击，卢循独自乘船逃跑。所杀和投入水中死去的，共计一万多人。接纳投降者，宽恕被劫掠的人.派遣刘萝、逼怀王率领轻装的军队追击。卢妪收集失散的兵士，还有几千人，径直回到庐州。道覆退回垃兴据守。逊童：郡公从左里胜利而归。天子派遣侍中、黄门到临时住所慰问军队。