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加倍寻找举荐被遗漏的东林党人，把他们安排在各个部门。高攀龙、杨涟、左光斗执掌法令；李腾芳、陈于廷辅助选举；魏大中、袁化中主管科道；郑三俊、李邦华、孙居相、饶伸、王之肕等人全部放在部里执政。而这四司的下属官员邹维琏、夏嘉遇、张光前、程国祥、刘廷谏也都受到民众的称颂。朝廷内外欣喜地期望能有所作为，而小人侧目，更想赶走赵南星。给事中傅魁以邹维琏改任吏部自己不知道为由，首先凭借汪文言发难，弹劾赵南星改变旧制，培植私党。邹维琏引咎辞职，赵南星上疏挽留他，小人更加不满。正好杨琏上疏弹劾魏忠贤，宫中太监与政府官员更加对立，势同水火。赵南星于是闭门乞求退休，皇帝不同意。
高攀龙弹劾崔呈秀，赵南星疏论让他充边。崔呈秀处境窘迫，连夜跑到魏忠贤的住处，叩头哀求，说：“赵南星、高攀龙、杨涟等人不走，我们二人将不知死在哪里啊。”魏忠贤认为的确是这样的，于是和他一起制定阴谋。恰巧山西巡抚空缺，河南布政使郭尚友想得到它。赵南星认为太常寺卿谢应祥有好名声，将他列在第一位请求皇帝批准。已经获得圣旨恩准，御史陈九畴受魏广微的指使，说谢应祥曾出知嘉善，魏大中是他的门生，魏大中以师徒关系的缘故，同文选郎夏嘉遇商量启用他，徇私舞弊理当斥责。魏大中、夏嘉遇上疏争辩，语言涉及陈九畴。陈九畴再次上疏极力诋毁，二疏一起交给部里讨论。赵南星、高攀龙确切指出谢应祥是因为在群众有声望而被推荐的，魏大中、夏嘉遇没有私情，陈九畴的胡说不能相信。魏忠贤大怒，假传圣旨废黜魏大中、夏嘉遇，连同陈九畴一同被废黜，而斥责赵南星等人相互勾结、结党营私。赵南星立即引咎辞职，魏忠贤再次假传圣旨痛切责备他，放赵南星回家。第二天，高攀龙也引咎辞职。给事中沈惟炳上疏挽救，也被流放在外。不久因为会同推举官员违背魏忠贤的意思，同时排斥陈于廷、杨涟、左光斗、袁化中，把赵南星摈弃了的徐兆魁、乔应甲、王绍徽等人安排在政府要害部门，小人竞相升迁，国家大权都被魏忠贤夺去了。
魏忠贤及其党徒非常憎恨赵南星。每当假传皇帝下诏、告示时，总是把他看作罪魁祸首。于是御史张讷弹劾赵南星十大罪状，并且弹劾邹维涟、程国祥、夏嘉遇以及王允成。得皇帝旨，将他们全部削籍为平民。叫人再次上奏赵南星的同伙，张讷又列上李邦华及孙鼎相十四人的名字，统统将他贬职废黜了。自此被赵南星摈弃的人，没有不被提拔任用的。他向来所推重奖赏的人，全都遭到了意想不到的灾祸。那些希望迅速谋求进身为官的人，一旦攻击赵南星，便随心所欲，为所欲为。石三畏也被起用任命为御史，上疏攻击赵南星以及李三才、顾宪成、孙丕扬、王图等十五人。已经死亡的都剥夺官职，有官职的祸害更加惨烈。不久因为汪文言的供词涉及到赵南星，交给抚按审讯。正好郭尚友巡抚保定，而巡抚马逢皋也怀恨赵南星，于是相邀在朝廷上侮辱他，用竹板打他的儿子赵清衡和外孙王钟庞，将他们下狱，让赵南星赔偿赃款一万五千两银子。赵南星家一向贫穷，靠亲友捐助才将官司了结。最后将赵南星发配代州，赵清衡流放庄浪，王钟庞谪戍永昌。嫡母冯氏，生母李氏，都由于哀痛过度而死。七岁的儿子也由于受惊吓死去了。赵南星到达发配地，安然自处。
庄烈皇帝登基，下诏赦免让他返京。巡抚牟志夔，是魏忠贤的死党，故意推迟派送，赵南星最终死在发配的地方。崇祯初年，赠太子太保，谥号“忠毅”傅槐、崔呈秀、魏广微、陈九畴、徐兆魁、乔应甲、王绍徽、张讷、石三畏、郭尚友、牟志夔，都与“逆案”相牵连，为世人所憎恶。
邹元标，字尔瞻，江西吉水人。九岁通晓“五经”泰和人胡直，是嘉靖时的进士，官做到福建按察使，师从于欧阳德、罗洪先，得到王守仁学说的真传。邹元标年轻时跟胡直交游，就有志于学术探讨。万历五年(1577)中进士，在刑部学习政事。
张居正专权，邹元标上疏痛切规劝。并且说：“陛下以为张居正对国家有利吗？张居正论才干虽然有所作为，学术根基却非正途；志向虽然远大，却过于刚愎自用。他的一些政策措施不合情理，比如州县入学的人数，限定为十五六人。有关官署迎合他的旨意，更加减少数量。这是选拔贤才的路子不广。各地判决囚犯，也有一定的数量，有关部门害怕受处分，数量上一定追求有所富余。这是刑罚实施得太无节制。大臣拿了俸禄苟且偷生，小臣害怕获罪保持沉默，有的人今天陈述意见，明天却遭到了谴责。这是上下言路没有通畅。黄河泛滥成灾，老百姓有的以荒草地为家，以喝水充饥，而有关部门却充耳不闻。这是老百姓的疾苦没有得到救济。其他诸如任用残酷的官员，埋没杰出的人才，真是举不胜举。臣恭恭敬敬地读皇帝的诏示，上面说道：‘朕的学业还没有完成，志向还没有确定，先生就离开了我，将使前功尽弃了。’陛下还这样说，真是国家无尽的福份啊。虽然如此，辅助完成皇上的学业，协助树立皇帝的志向的人，不能说朝廷就没有啊。幸好是张居正遭遇父母丧事，还可以挽留，倘若不幸就此离去，陛下的学业莫非就此不得完成，志向莫非终究不能确定么？臣看到张居正的上疏说：‘世上先有非同寻常的人，然后才能做非同寻常的事。’这是把奔丧看作事而不屑于去做的人。谁不知道人只有恪守仁、义、礼、智、信五种道德伦理才能成其为人。现在这个人，父母活着时不去照顾，父母死了不去奔丧，还自我吹嘘为非同寻常的人，世道人心不认为他丧失天良，就认为他是猪狗禽兽，这能叫作非同寻常的人吗？”
奏疏写好，放入怀中然后上朝。正好赶上吴中行等人受廷杖刑。邹元标等打完棍子后，把奏疏拿出来交给中官，哄骗他说：“这是请假的奏疏。”等奏疏呈上后，张居正十分恼怒，也将邹元标打了八十棍子，贬职流放都匀卫，都匀卫位于万山丛中，与少数民族杂居，邹元标处之泰然。更加专心研究理学，学问得到很大的进步。巡抚御史受张居正的指使，将要陷害邹元标。路过镇远在那里住宿，一个夜晚，御史突然死了。
邹元标流放了六年，张居正死，征召授官吏科给事中，首先陈述培养道德观念、亲近大臣部属、严肃法令准则、尊崇儒家品行、整顿地方吏治五件事。不久弹劾罢免礼部尚书徐学谟、南京户部尚书张士佩。
徐学谟是嘉定县人。嘉靖年间担任荆州知府。景恭王分封德安，想夺取荆州城北面的沙市地盘，徐学谟坚持不给他，被景恭王弹劾。交给抚按官审问，改到别的地方当官。荆州人感激他，把沙市称作“徐市”张居正跟他一向很好。万历年间，积官至右副都御史，巡抚郧阳。张居正回家处理父亲的葬事，徐学谟小心地为他服务，征召授官刑部侍郎。过了二年，提拔为礼部尚书。自弘治以后，礼部长官不是翰林出身不予任命。只有席书因为说“大礼”的缘故，由其他官署调任；万士和不是翰林，但他先担任过礼部侍郎。徐学谟直接被任命为礼部尚书，朝廷大臣因为张居正的缘故，没有人敢说话。张居正死，徐学谟赶忙跟大学士申时行结为亲家以巩固自己的地位。等到奉皇帝命令选择寿官，通政参议梁子琦揭发他先是巴结张居正，然后依附申时行。下诏剥夺梁子琦的俸禄。邹元标接着揭发他，于是命令他辞官回家。
慈宁宫遭火灾，邹元标又上疏陈述有关时事政治六件事。其中说道：“臣先前进献无欲望的教诲，陛下尝试自我检查，是真没有欲望呢，还是节制了欲望？俗话说：‘要想人不知，除非己不为。’陛下的确应该尽快彻底地自我检查，着意节制自己的欲望。”这个时候，皇帝正当壮年，沉迷于声色巡游、宴席，以为邹元标指责自己，很不高兴，降旨责怪他。首辅申时行因为邹元标是自己的门生，却弹劾罢免了他的姻亲徐学谟，也心怀不满，于是把他贬职为南京刑部照磨。调任兵部主事。征召改任吏部，提升员外郎，因病免职。后起用候补验封。陈述吏治十件事，百姓疾苦八件事，奏疏接近一万言。文选员外郎空缺，尚书宋纟熏请求任用邹元标，很久都没有消息，宋纟熏接连上疏催促。给事中杨文焕、御史何选也帮着说话。皇帝发火了，斥责宋纟熏，将杨文焕、何选贬到外地，而将邹元标调往南京。刑部尚书石星为他辩论，也遭到皇帝的责备。邹元标在南京过了三年，称病回家。很久之后，起用为本部郎中，不去赴任。不久母亲死，定居乡里讲学，跟他学习交游的人一天比一天多，名气也越来越大。朝廷内外上疏举荐被遗失的人才，共有几十甚至百道奏疏，没有不把邹元标列在第一位的，终于不被起用。在家隐居将近三十年。
光宗即位，征召授官大理寺卿。未到任，提升刑部右侍郎。天启元年(1621)四月回到朝廷，首先进呈“中和”的言论，说：“现在国家这个样子，都是二十年来各大臣纷争酿造成的。过去不选拔人才、礼让贤能，却天天嫉贤妒能，压制人才，讨论事情的人又不能心平气和，反而专门致力于分立门户派系。卑臣以为今天最要紧的，只是朝廷大臣彼此和睦而已。朝廷大臣和睦了，天地之间自然就和顺了。以前讨论人和事，每个人都心怀偏见，偏见导致迷乱，迷乱导致固执，固执转而自私，不再知道有别人，国家的灾祸就降临了。现在跟各大臣立一个约定，讨论一个人应该公平，不要轻易下笔做结论；讨论一件事应该借鉴以前的经验，考虑它的后果，不要不加思考、轻信传闻。用天下万世的良心，来衡量天下万世的人和事，则议论公平，而国家能享受安定和平的幸福。”于是推荐涂宗浚、李邦华等十八人。皇帝优先下诏，嘉奖并接受了。过了二天，又陈奏发掘选拔人才、理财振军等数事以及保证安宁的四项规条。并请求征召录用叶茂才、赵南星、高攀龙、刘宗周、丁元荐，而抚恤、登录罗大。。、雒于仁等十五人。皇上也赞同接纳。
当初，邹元标站在朝廷上，正直威严，令人生畏，晚年努力争取做到和睦平易。有人议论他赶不上刚开始做官的时候有气魄。邹元标笑着说：“大臣跟言官是有区别的。风度超绝，是言官的事情。大臣关心的不是大的利益和损害，就是应当保护扶持国家，怎么能像年轻人那样怒形于色呢？”这时结帮拉派十分兴盛，邹元标讨嫌这种做法，想改正这种陋习，所以他举荐引用的人不拘一格。曾经想推举任用李三才，因言路不通，邹元标没有坚持。王德完讽刺他首鼠两端，邹元标也不计较。南京御史王允成等人以为他们二人有矛盾，请求皇帝下诏调解。邹元标说：“我与王德完从来没有矛盾，这一定是有人在从中捣鬼。我曾跟朝中大臣说：‘当今皇帝年幼，敌人就在国门边上，只有同心协力、同舟共济了。倘使再党同伐异，对国家来说就是不忠，对家庭而言就是不孝。世上自有不偏袒、不结党的正道，为什么总是在窝里斗个没完呢？’”皇帝即位已经很久，但前朝被废黜、死亡的各臣还没有得到赠封照顾，邹元标再次上疏阐述抚恤大典，言辞更为恳切。
这年十二月改任吏部左侍郎。未到任，授官左都御史。第二年主管在外地官员的考核，离职或是留任全凭公论。御史潘汝祯、过庭训一向有人议论。等过庭训官期任满，潘汝祯的评价充满了赞扬的话。邹元标上疏弹劾，二人一起称病离职。不久，邹元标说丁巳年(1617)对京官的考核不公正，专门打击压制跟自己意见不一致的人，请求皇帝收留录用章家祯、丁元荐、史记事、沈正宗等二十二人。由此各臣多得到平反昭雪。又说：“公开下诏征召被遗失的人才，但各老臣的官阶还是三十年前就应该得到的，应该增加三品抬高他们的官级，表示陛下褒扬尊敬年高德重之人的美德。”皇帝采纳了他的意见。于是北京和南京的太常寺、太仆寺、光禄寺三卿各增加了二个名额。
孙慎行议论“红丸案”邹元标也上疏说：“人类所以存在，是因为有三纲五常。三纲五常所以确立，是因为有信史。我去年乘船经过南中，南中的知识分子都说先皇帝突然驾崩，死因不清楚，传闻不可轻信。我开始还不以为然。等到进入北京城，跟人说起先皇帝有大德，应该尽快记入信史。各大臣说：‘提到先皇帝弥留之际的大事，叫人停笔不敢下，有谁敢担当这个责任？’我开始对前些天听到的话有了怀疑。首辅方从哲不伸张讨伐逆贼的正义，反而实行奖赏奸细的法令，即使是无心做事，又怎么向世人解释交待。况且方从哲执政七年以来，没有听说有什么建树，只听见说骑在马上一天打三次仗，损失我国十万士卒。请问是在谁当政期间，使先皇帝受到震惊，奸邪之人闯入内宫、豺狼当道，扰乱朝政？方从哲如何回答？从来惩戒乱臣贼子，都是依靠信史。信史耽误于今天，不知到何时才能写成？”当时刑部尚书黄克缵观望内廷的意图，小官吏们都跟着他，而方从哲世代定居京城，盘根错节的关系不少，崔文升一帮人迎合内廷，极力追究孙慎行和大家的议论，都不能陈述。不久，孙慎行和王纪一起被驱逐，邹元标上疏挽留，皇帝不听。
邹元标自从回到朝廷以来，不危言耸听，不发表过激言论，对于事物没有猜疑。然而奸诈小人因为他是东林党人，还是忌恨他。给事中朱童蒙、郭允厚、郭兴治担心明年考核京官对他们不利，暗地里想办法赶走他。正好邹元标同冯从吾创建首善书院，集合志同道合的人讲学，朱童蒙首先请求禁止。邹元标上疏辩论请求辞职，皇帝已经安慰挽留，郭允厚又上疏弹劾，语言尤其荒谬没有根据。而魏忠贤刚刚大权独揽，传旨说宋朝之所以灭亡是因为讲学，将要严加谴责。叶向高极力辩解，并且乞求一起辞职，这才下了道温和的诏书，郭兴治和郭允厚又交相上疏大力攻击，郭兴治竟然把他们比作山东的“妖贼”邹元标更加坚定地接连上疏请求离职，下诏加赠太子太保，乘驿车回家。闭门谢客，进呈老臣请去国情深疏，一一陈述军国大计，而规劝皇帝节制欲望，人们争相传诵。天启四年(1624)死在家里。第二年，御史张讷请求拆毁天下的讲坛，极力诋毁邹元标，魏忠贤于是假传圣旨剥夺他的官籍。崇祯初年，赠太子太保、吏部尚书，谥号“忠介”
孙慎行，字闻斯，江苏武进人。年轻时听到外祖父唐顺之的绪论，就十分喜好读书。万历二十三年(1595)，考中进士第三名，授职编修，积官至左庶子。几次请假定居乡里，闭门绝交，精心钻研理学。有人求见，都不接纳，有人向他询问政事，他也不回答。
万历四十一年(1613)五月从少詹事提拔为礼部右侍郎，代理本部事务。正在这时，城郊祖庙大规模宴享各礼节，皇帝有二十多年没有亲自主持，东宫太子停止讲读已有八个年头，皇帝长孙九岁了还没有请外面的老师，瑞王二十三岁尚未成婚，楚王同族的人禁锢很久没有释放，代王废除大儿子立小儿子，好久都不更正，臣子的奏章上疏全部扣留禁中，福王府庄田超过四万顷。针对上述情况，孙慎行痛切进谏。此后，考虑到东宫太子开讲，皇帝孙子请老师，关系到宗庙社稷的安危，上疏多达七八次。代王废除长子朱鼎渭，立爱子朱鼎莎，李廷机当侍郎的时候主持这事，这以后，大臣们上疏一百多道争论，皇帝都不省悟。孙慎行多次上疏力争，才得以改正。楚王族人打死巡抚赵可怀，为首的六个人处以死刑，又将朱英女蕉等二十三人囚禁在监牢里面，将朱蕴钫等二十三人关押在很远的地方。孙慎行极力辩白他们并非谋反，各人因此得以释放。皇太子虽已确立，福王还滞留京城，需要四万顷庄田才离开，势利小人多暗中侦察。朝臣请求让福王回王国的人越多，皇帝就越推迟他的行期。孙慎行上疏十几次，都不见省悟。最后，贵妃又请皇帝挽留福王庆贺太后七十年的寿辰，大家的议论更加纷扬。孙慎行于是联合文武大臣跪在宫殿前极力请求，大学士叶向高也竭力争辩。皇帝不得已，答应明年阴历三月让他回王国，大家的情绪才安定下来。
韩敬议论科举考试，孙慎行准备废黜韩敬。他在家乡居住时一向在东林讲学，韩敬的同党很忌恨他。正好吏部侍郎空缺，朝廷议论让李志改任吏部左侍郎，孙慎行为右侍郎，任命都还没有下达。御史过廷训于是说李志未到任，何必再推举孙慎行，给事中亓诗教附和他。孙慎行于是四次上疏请求回家，到城外等候命令，皇帝于是同意了。不久考核京官，御史韩浚等人因为催促福王回国，认为孙慎行求取功名，把他的名字写进纠察过失的上疏中，皇帝清楚他无罪，孙慎行幸免于难。
熹宗即位，征召授官礼部尚书。当初，光宗皇帝病情加重，鸿胪寺丞李可灼进献红铅药丸，不久皇帝驾崩，朝廷大臣轮流上书弹劾他。大学士方从哲草拟圣旨让他称病回家，赠送给他金币。天启二年(1622)四月，孙慎行回到朝廷，上疏说：
“先皇帝死得这么快，虽然说有旧病，实际上是治病的人用药不慎重。读官府的报纸，得知李可灼的红丸是首辅方从哲进献的。李可灼不是宫内太医，红丸不知道是什么药，却竟敢那么快地进献给皇帝。往昔许悼公喝太子药而死，太子就自杀了，春秋还记载为弑君。然而方从哲应该如何处置？快点拿剑自杀向先皇帝谢罪，是上等行为；关了门躺在草席上，等候司法部门处理，是次等行为。他却竟敢如此凶狠不加任何考虑。等到满朝大臣一起攻击李可灼时，方从哲只是命令他回家休整，难道不是因为自己举荐了李可灼，恐怕跟他一起受处分吗？我以为方从哲纵然不是有心弑君，却造成了弑君的事实；想要洗刷弑君的罪名，难逃弑君的事实。实录中如果想要替君父避讳，不得不直接写上方从哲连续进献二颗药丸，皇帝片刻驾崩，恐怕到了后代，要想真相大白于天下，是不能够了。
“然而方从哲的罪行实在不止于此。首先有皇贵妃想立为皇后的事情。自古以来没有皇帝一死就立皇后的。倘若不是礼官上疏，言路极坚持，岂不是要嫁祸于国家吗！其次有谥号皇祖为恭皇帝的事情。遍考晋、隋、周、宋各朝，凡是末代亡国的君主都谥号为“恭”方从哲却将它加在我朝皇祖的头上，难道真是不学无术，实际是在诅咒我国已经快要亡国了，其居心何在？最后有选侍垂帘听政的事情。刘逊、李进忠这二个些微小臣，何至于如此大胆，口出狂言。或以为二小臣早就把黄金宝物送到方从哲家，如果不是九卿、台谏极力请求移宫，选侍一旦得志，陛下将无立足之地。听说那时方从哲迟迟不肯进奏，科臣催促他，他却说迟几天没关系。放任太监肆意嚣张，忍心看着皇上不安，做大臣的应该像这样无动于衷么？
“我在礼部说有关礼的事情。他罪恶滔天，毫无生路可言。至于其他督战误国，欺上徇私，纵情声色，践踏国法，冒犯天下名义，酿成国家灾害的罪行，我不能一一列举。陛下应立即声讨这贼臣，以雪不共戴天之仇。不要问身旁的人，身旁的人都是方从哲巴结好了的。不要拘禁忌讳的人，那些人都是方从哲布置好了的。请求皇上立即诛杀李可灼，以泄神人之共愤。”
当时全国都痛恨方从哲，孙慎行的言论虽过于尖刻，然而大家都认为他说得对。看到身边亲侍多为方从哲说话，皇帝于是说：“方从哲一向忠诚小心，李可灼进药本是先皇帝的意思。你的话虽出于忠诚爱护，事情却是传闻。连同进封、移宫等事情，当天九卿、台谏官亲眼看到的，当据实上报，用以释解大家的疑虑。”于是方从哲上疏辩解。刑部尚书黄克缵偏袒方从哲，也为他曲意辩解。孙慎行又上疏驳斥，说：“此前过于相信李可灼，罪在轻视进药；此后曲意庇护李可灼，罪在不声讨盗贼。二者都不能开脱弑君的罪名。方从哲说移宫有真凭实据，但各臣的请求是在初二，方从哲的请求是在初五。那时奏章上疏送到乾清宫不送到慈宁宫已有三天，国家大事几乎中断，不是其他辅臣调查获悉，与朝臣极力请求，其危害真是一言难尽啊！臣恭敬拜读皇帝的诏书，其中说：‘辅臣的意义在于分管国事，替朕分担忧愁。现在这种局面，为何不代朕传一句话，平息各种意见纠纷，君臣之间的大义到哪里去了？’又说：‘朕不能忍受侮辱虐待，六七天都在日夜哭泣。’方从哲是顾命元老重臣，假使他能稍微有所行动，何至于让至尊的皇帝如此忧愤危险！他阿谀奉承太监是那么多，感戴皇帝的圣明是如此少，所以胆敢侮辱皇帝的祖先，违抗皇帝的父亲，而欺负皇帝陛下啊。”最后又极力说明黄克缵的荒谬。二疏章一起交朝廷讨论。不久上报皇帝，只是将李可灼下狱发配边地，方从哲不问罪。
山东巡抚报告，五月中旬，大白天月亮和星星一齐出现了。孙慎行以为非常怪异，上疏请求皇帝修身反省，语言非常直率中肯。秦王朱谊氵患由庶受封，排行老四按规矩不应该封为郡王，重礼贿赂皇帝近臣，才得圣旨批准。孙慎行坚决不接受诏书，三次上疏争辩，没有结果。七月称病离职。
这一年冬天，朝廷推举内阁大臣，以孙慎行第一，吏部侍郎盛以弘第二。魏忠贤压制不任用，任用顾秉谦、朱国祯、朱延禧、魏广微，朝臣大吃一惊。叶向高接连上疏请求任用孙、盛二人，最终没有效果。此后，魏忠贤气焰嚣张，讨论编写三朝要典，孙慎行列为“红丸案”的首犯。同党张讷于是上疏极力诋毁，下诏剥夺官籍。不久，刘志选又两次上疏追查揭发，下诏抚按调查审讯，发配宁夏充边，没有出发，庄烈皇帝即位，赦免了他。
崇祯元年(1628)命令以原来官职协助治理詹事府，极力推辞不到任。孙慎行操守严峻，品行纯洁，为一代官吏之宗师。朝士多数推举他进入内阁，吏部尚书王永光极力排斥他，终究不被任用。八年，推举内阁大臣，几次皇帝都不满意。最后把孙慎行、刘宗周、林钅干的名字上报，皇帝立即召见他们。孙慎行已经患病，刚到北京就死了。赠封太子太保，谥号文介。
高攀龙，字存之，无锡人。少年时读书，就喜好程颐、朱熹的学说。万历十七年(1589)中进士，授行人职。四川佥事张世则进呈他的著作大学初义，诋毁程颐、朱熹的章句，并请求颁行天下，高攀龙上疏极力反驳他的错误，张世则这本书便没有颁行。
侍郎赵用贤、都御史李世达被别人攻击丢了官，袁中的议论多数归咎于大学士王锡爵。高攀龙上疏说：
“近来朝廷之上，正人君子被排挤一空。大臣则孙钅龙、李世达、赵用贤走了，小臣则赵南星、陈泰来、顾允成、薛敷教、张纳陛、于孔兼、贾岩被斥退了。近来李祯、曾乾亨又无法安心本职而乞求走了，选郎孟化鲤又借口推荐言官张栋，随着这股潮流去了。
“天地之间造就一个人才是很难的，国家需要人才是很急迫的，这样的废置排斥，以后的人才怎么接得上。这些情况已使得正直的人扼腕叹息，奸邪的人弹冠相庆，世道人心如此真叫人不胜感慨！而且现在陛下的朝讲已经停止很久了，朝臣不能望见皇帝的龙颜。皇帝传旨下来，虽然说是圣上亲自裁定，但这里面隐藏了些什么，难以揣度其究竟，所以朝廷内外的舆论，不是说‘辅臣想除掉不归附自己的人’，就是说‘近侍不利用正直的人’。陛下深居九重之内，也曾经把每位大臣是否贤能的情况写了陈列在左右；而陛下对于各臣，也曾想过他们为什么会获罪的原因吗？如果以为都是由于圣上发怒，可是各臣除孟化鲤之外，未曾听说有触犯圣旨的，为什么都遭罢免斥退呢？即便违抗了皇帝讲了不中听的话，例如董基等，陛下已经录用，为什么对于这些人却不是这样呢？我恐怕陛下有驱逐奸邪的果断，而左右的人反而利用来实现自己嫉妒的私心；陛下有接纳进言的博大胸怀，而臣子反而留给您拒绝谏诤的讥嘲。传到各地，写进史册，使圣德受累不浅。
“辅臣王锡爵等，看他自我约束的情况，好像胜过张居正、申时行；观察他的用心和五十步笑百步又有什么不同呢？即如各臣被罢退斥逐，如果以为当然是这样，那么是非邪正，一般人都能辨别，怎么忍心坐视皇帝的错误做法，难道不是为了发泄私愤，而得益于把那些人全都罢免斥退光吗？”
最后极力诋毁郑材、杨应宿说人坏话、巴结奉承应该罢免。杨应宿也上疏攻击高攀龙，所讲的话非常荒诞，没有根据。两份奏疏一起交给部院，议论的结果是请求对二人稍加责罚，以表示惩治过去，警戒未来。皇帝不准，降杨应宿二级，把高攀龙贬职流放到揭阳为添注典史。
御史吴弘济等议论挽救，都受到谴责。高攀龙上任七个月就因事归去，接着父母去世，于是不再做官，在家住了近三十年。言者多次推荐，皇帝都不醒悟。
熹宗即位，起用高攀龙为光禄寺丞。天启元年(1621)升为少卿。第二年四月上疏弹劾外戚郑养性，说：“张差梃击谋害太子实在是郑养性的父亲郑国泰所主使。现在人们议论纷纷，都怀疑郑养性勾结宫内外犯法作乱的人，另有异谋，怀疑积累多了得不到解决，应当考虑一个妥善处理的办法。至于刘保谋反，是中官卢受主使的，刘于简的供词都在。卢受本是郑氏的私党，而李如祯一家勾结郑氏，阴谋陷害名将，导致失地丧师，刘于简原来的供词，说明李永芳约了李如祯做内应。像崔文升向来就是郑氏的心腹，知道先帝有虚症，故意给他服用泄药，这罪不能赦免。陛下仅仅将他斥责赶走，而崔文升还秘密住在京城。应该勒令郑养性回到家乡，尽快将李如祯、崔文升绳之以法，以昭彰国家大法。”奏疏送入，皇帝责怪高攀龙多事，但终于遣送郑养性回了老家。
孙慎行因为“红丸案”攻击前朝首辅方从哲，交给大臣们讨论。高攀龙引用春秋首恶性之诛为例，把“红丸案”的主要责任归咎于方从哲。给事中王志道为方从哲辩解，高攀龙写信切实责备他。不久改任太常寺少卿，上疏陈述努力学习的重要，接着说：“方从哲的罪行并非只有‘红丸’一件事，他最大的罪行在于勾结郑国泰。郑国泰父子有计划地谋害先帝的事不止一件，开始是张差的梃击，接着是郑贵妃进送美女，最后是崔文升的药，而方从哲实在是佑护他。尽力扶持帮助郑氏的党徒，尽力铲除不听从郑氏的人；一时人心惶惑，只知道郑氏，不知道东宫太子。这是盗贼一样的臣子，讨伐盗贼，就是陛下的孝。而有的人却说：‘为先帝隐讳才是孝。’这是扰乱天下的歪理。陛下顾念圣母就应该宣布李选侍的罪行，顾念皇考就应该加厚对李选侍的恩德，这样就仁至义尽了。而有的人却说：‘为圣母隐讳才是孝。’明明是圣谕，看作是假托；像杨涟那样忠心，却被诽谤为居功自傲。大臣怕被说是居功，宁愿以待罪之身躲在一边，当君父有急难的时候，却在那里袖身旁观，这也是导致天下大乱的歪理。被这样的说法所迷惑，真正的孝不知道是孝，把不孝也当作大孝；真正的忠不知道是忠，把不忠也当作大忠。忠孝都可以颠倒，什么事情不可以胡为呢？所以方从哲、郑养性不能不讨伐，为什么还让他们住在天子脚下？”当时在朝廷暗中支持方从哲的势力很大，他们摘取了高攀龙奏疏中“不孝”的话激怒皇帝，将要对他严加谴责。叶向高大力拯救，这才停发俸禄一年。邹元标受到攻击，高攀龙请求和他一同罢免，皇帝下诏挽留他。升为太仆卿，提升刑部右侍郎。
天启四年(1624)八月拜左都御史。杨涟等一群人攻击魏忠贤，双方已势不两立。等到叶向高离职，魏广微天天引导魏忠贤做坏事，而高攀龙是赵南星的门生，一同在重要部门。御史崔呈秀巡按淮、扬回来，高攀龙揭发他贪污受贿的邪恶行为，赵南星建议把他充军，崔呈秀处境困迫，急忙跑到魏忠贤那里，乞求做他的干儿子，于是捡了谢应祥的事，说高攀龙党附赵南星。皇帝下了道严厉的圣旨责问追究，高攀龙自己承担罪责走了。不久，南京御史游凤翔调出当知府，揭发高攀龙挟持私人势力排挤他。下诏恢复了游凤翔过去的官职，革了高攀龙的职。崔呈秀还不解恨，一定要杀他，把他的名字偷偷塞进李实弹劾周起元的奏疏中，派遣缇骑前往逮捕他。高攀龙早上拜谒宋代儒家学者杨龟山祠，有人把这公文告诉了他，高攀龙回去和二个门生一个弟弟在后园的池上喝酒，听说周顺昌已经被逮捕，笑说：“我视死如归，现在就要实现了。”进去和夫人说话，跟平时一样。出来，写了两张纸告诉二个孙儿说：“明天交给官府的校尉。”于是让他们出去，关好门。过了一会儿，大伙推门进去，看到一盏灯火光微弱，高攀龙已经整整齐齐地穿戴好衣帽自己溺死在池中了。拆开他所封的纸，是一个遗表，说：“我虽然被革职，从前曾是大臣，大臣受侮辱就是侮辱国家。谨向北面叩头，跟从屈原遗留下来的榜样。”又有告诉门生华久诚的信说：“我能够像这样从容不迫的死去，多少还是得力于我一生治学的结果。”当时他六十五岁。远近的人听到他的死讯，没有不为他哀伤的。
崔呈秀还不解恨，假传圣旨把高攀龙的儿子世儒交给司法部门审理，刑部判世儒不能防范他的父亲，流放服劳役。崇桢初年，追赠高攀龙为太子少保、兵部尚书，谥号忠宪，授予高世儒官职。
起初，海内学者全部都尊奉王守仁的学说，高攀龙心里很不以为然，他和顾宪成同在东林书院讲学，以静为主。品行纯良忠厚，完全是一个正直的人，被当时的学者所尊奉。海内士大夫，认识的和不认识的，都一致称颂高、顾二人。高攀龙被革职的时候，皇帝下诏拆毁了东林书院。庄烈帝即位，学者重新修复了它。
冯从吾，字仲好，陕西长安人。万历十七年(1589)进士，改任庶吉士，授官御史。巡视宫城，宦官置备名帖求见，拒绝不见。礼科都给事中胡汝宁奸诈狡猾、胡作非为，多次揭发都不离职。冯从吾揭露他的邪恶，才把他调往外地，正值考核地方官员的时候，冯从吾严加巡视，行贿者销声匿迹。
万历二十年(1592)正月上奏章说：“陛下郊庙祭礼不亲自参加，朝臣聚会不亲自驾临，奏章扣留在禁中不下发。请看戊子(1588)以前，周边国家效忠顺服，天下太平；己丑(1589)以后，南有倭寇告急，北有强敌犯边，天灾人祸，层出不穷。前者为励精图治的功效，后者是懈怠败坏的灾祸。近来传颂皇帝告谕，说皇帝身体欠佳，想以此为由自我掩饰，却不知宫内敲钟，声音已传于宫外。陛下每晚必饮酒，每饮必醉，每次喝醉了必定发脾气。左右的人稍有一句话不对劲，就用乱棍打死，外廷没有不知道的。天地良心，难道是可以欺骗的么！希望陛下不要以为天灾不足畏惧，不要以为人言不足忧虑，不要以为目前的太平安定可以依赖，不要以为将来的危险动乱可以忽视，如此，则是国家社稷的大坏事。”皇帝大怒，想处罚他廷杖刑。正好赶上仁圣太后的寿辰，内阁大臣极力劝解得以幸免。不久告假回家，起用巡视长芦盐政。为政清廉，优待商人，奸猾之徒大为收敛。回到朝廷后，正赶上皇帝因为军事事务大批废黜北京和南京的言官。冯从吾也被剥夺官籍，还是由于先前上疏的缘故。
冯从吾生性纯正而诚实，有志于濂、洛二个学派的理学，跟着许孚远学习。罢官回家，闭门谢客，用前辈学者的格言，对照自己的实践，造诣更加深邃。在家隐居二十五年，光宗即位，起用尚宝卿，提升太仆少卿，全因为哥哥的丧礼没有赴任。不久改任大理寺。
天启二年(1622)提拔为左佥都御史。才二个月，提升为左副都御史。朝廷讨论“三案”冯从吾说：“李可灼拿至尊皇帝试验药物，却同意他称病回家，掌权者是何用心？至于梃击这个官司，跟揭发奸人的各臣作对的人，就是奸人。”因此众太监讨厌他。
不久，与邹元标共同创建首善书院，召集志同道合的人在里面讲学。给事中朱童蒙上疏诋毁。冯从吾说：“宋朝不兴盛，是因为禁止讲学的缘故，而不是讲学的缘故。我朝太祖、成祖宣扬‘六经’，皇帝布置讲经史的几席，皇太子出楼听讲，都是讲学。臣子期望皇帝讲学，自己却不去做，能行吗？原大臣王守仁，在行军打仗的空隙，还不忘记讲学，终于成就伟大的功业。这就是我们不计较名誉得失而兴书院讲学的原因。”于是再次称病辞职，皇帝下诏好言相劝，挽留他。给事中郭允厚、郭兴治又先后极力诋毁邹元标。冯从吾又上疏说：“我壮年时进入朝廷，就跟杨起元、孟化鲤、陶望龄等人创立讲学会，直到我告病回家才停止。北京讲学，过去就有了，为什么直到今天才被谴责？”于是再次上疏辞职。
天启四年(1624)春天，起用为南京右都御史，多次推辞没有批复，征召授官工部尚书。正好赵南星、高攀龙相继离职，接连上疏极力推辞，让他辞官回家。第二年秋天，魏忠贤的党羽张讷上疏诋毁冯从吾，剥夺官籍。同乡王绍徽一向怀恨冯从吾，等到在吏部任职，使乔应甲巡抚陕西，千方百计地搜集材料，但一无所获。于是毁坏书院，推倒先圣的像，丢在城角。冯从吾非常愤怒、忧郁，得病死了。崇祯初年，恢复官阶，赠封太子太保，谥号恭定。
加倍寻找举荐被遗漏的东林党人，把他们安排在各个部门。高攀龙、杨涟、左光斗执掌法令；李腾芳、陈于廷辅助选举；魏大中、袁化中主管科道；郑三俊、李邦华、孙居相、饶伸、王之肕等人全部放在部里执政。而这四司的下属官员邹维琏、夏嘉遇、张光前、程国祥、刘廷谏也都受到民众的称颂。朝廷内外欣喜地期望能有所作为，而小人侧目，更想赶走赵南星。给事中傅魁以邹维琏改任吏部自己不知道为由，首先凭借汪文言发难，弹劾赵南星改变旧制，培植私党。邹维琏引咎辞职，赵南星上疏挽留他，小人更加不满。正好杨琏上疏弹劾魏忠贤，宫中太监与政府官员更加对立，势同水火。赵南星于是闭门乞求退休，皇帝不同意。
高攀龙弹劾崔呈秀，赵南星疏论让他充边。崔呈秀处境窘迫，连夜跑到魏忠贤的住处，叩头哀求，说：“赵南星、高攀龙、杨涟等人不走，我们二人将不知死在哪里啊。”魏忠贤认为的确是这样的，于是和他一起制定阴谋。恰巧山西巡抚空缺，河南布政使郭尚友想得到它。赵南星认为太常寺卿谢应祥有好名声，将他列在第一位请求皇帝批准。已经获得圣旨恩准，御史陈九畴受魏广微的指使，说谢应祥曾出知嘉善，魏大中是他的门生，魏大中以师徒关系的缘故，同文选郎夏嘉遇商量启用他，徇私舞弊理当斥责。魏大中、夏嘉遇上疏争辩，语言涉及陈九畴。陈九畴再次上疏极力诋毁，二疏一起交给部里讨论。赵南星、高攀龙确切指出谢应祥是因为在群众有声望而被推荐的，魏大中、夏嘉遇没有私情，陈九畴的胡说不能相信。魏忠贤大怒，假传圣旨废黜魏大中、夏嘉遇，连同陈九畴一同被废黜，而斥责赵南星等人相互勾结、结党营私。赵南星立即引咎辞职，魏忠贤再次假传圣旨痛切责备他，放赵南星回家。第二天，高攀龙也引咎辞职。给事中沈惟炳上疏挽救，也被流放在外。不久因为会同推举官员违背魏忠贤的意思，同时排斥陈于廷、杨涟、左光斗、袁化中，把赵南星摈弃了的徐兆魁、乔应甲、王绍徽等人安排在政府要害部门，小人竞相升迁，国家大权都被魏忠贤夺去了。
魏忠贤及其党徒非常憎恨赵南星。每当假传皇帝下诏、告示时，总是把他看作罪魁祸首。于是御史张讷弹劾赵南星十大罪状，并且弹劾邹维涟、程国祥、夏嘉遇以及王允成。得皇帝旨，将他们全部削籍为平民。叫人再次上奏赵南星的同伙，张讷又列上李邦华及孙鼎相十四人的名字，统统将他贬职废黜了。自此被赵南星摈弃的人，没有不被提拔任用的。他向来所推重奖赏的人，全都遭到了意想不到的灾祸。那些希望迅速谋求进身为官的人，一旦攻击赵南星，便随心所欲，为所欲为。石三畏也被起用任命为御史，上疏攻击赵南星以及李三才、顾宪成、孙丕扬、王图等十五人。已经死亡的都剥夺官职，有官职的祸害更加惨烈。不久因为汪文言的供词涉及到赵南星，交给抚按审讯。正好郭尚友巡抚保定，而巡抚马逢皋也怀恨赵南星，于是相邀在朝廷上侮辱他，用竹板打他的儿子赵清衡和外孙王钟庞，将他们下狱，让赵南星赔偿赃款一万五千两银子。赵南星家一向贫穷，靠亲友捐助才将官司了结。最后将赵南星发配代州，赵清衡流放庄浪，王钟庞谪戍永昌。嫡母冯氏，生母李氏，都由于哀痛过度而死。七岁的儿子也由于受惊吓死去了。赵南星到达发配地，安然自处。
庄烈皇帝登基，下诏赦免让他返京。巡抚牟志夔，是魏忠贤的死党，故意推迟派送，赵南星最终死在发配的地方。崇祯初年，赠太子太保，谥号“忠毅”傅槐、崔呈秀、魏广微、陈九畴、徐兆魁、乔应甲、王绍徽、张讷、石三畏、郭尚友、牟志夔，都与“逆案”相牵连，为世人所憎恶。
邹元标，字尔瞻，江西吉水人。九岁通晓“五经”泰和人胡直，是嘉靖时的进士，官做到福建按察使，师从于欧阳德、罗洪先，得到王守仁学说的真传。邹元标年轻时跟胡直交游，就有志于学术探讨。万历五年(1577)中进士，在刑部学习政事。
张居正专权，邹元标上疏痛切规劝。并且说：“陛下以为张居正对国家有利吗？张居正论才干虽然有所作为，学术根基却非正途；志向虽然远大，却过于刚愎自用。他的一些政策措施不合情理，比如州县入学的人数，限定为十五六人。有关官署迎合他的旨意，更加减少数量。这是选拔贤才的路子不广。各地判决囚犯，也有一定的数量，有关部门害怕受处分，数量上一定追求有所富余。这是刑罚实施得太无节制。大臣拿了俸禄苟且偷生，小臣害怕获罪保持沉默，有的人今天陈述意见，明天却遭到了谴责。这是上下言路没有通畅。黄河泛滥成灾，老百姓有的以荒草地为家，以喝水充饥，而有关部门却充耳不闻。这是老百姓的疾苦没有得到救济。其他诸如任用残酷的官员，埋没杰出的人才，真是举不胜举。臣恭恭敬敬地读皇帝的诏示，上面说道：‘朕的学业还没有完成，志向还没有确定，先生就离开了我，将使前功尽弃了。’陛下还这样说，真是国家无尽的福份啊。虽然如此，辅助完成皇上的学业，协助树立皇帝的志向的人，不能说朝廷就没有啊。幸好是张居正遭遇父母丧事，还可以挽留，倘若不幸就此离去，陛下的学业莫非就此不得完成，志向莫非终究不能确定么？臣看到张居正的上疏说：‘世上先有非同寻常的人，然后才能做非同寻常的事。’这是把奔丧看作事而不屑于去做的人。谁不知道人只有恪守仁、义、礼、智、信五种道德伦理才能成其为人。现在这个人，父母活着时不去照顾，父母死了不去奔丧，还自我吹嘘为非同寻常的人，世道人心不认为他丧失天良，就认为他是猪狗禽兽，这能叫作非同寻常的人吗？”
奏疏写好，放入怀中然后上朝。正好赶上吴中行等人受廷杖刑。邹元标等打完棍子后，把奏疏拿出来交给中官，哄骗他说：“这是请假的奏疏。”等奏疏呈上后，张居正十分恼怒，也将邹元标打了八十棍子，贬职流放都匀卫，都匀卫位于万山丛中，与少数民族杂居，邹元标处之泰然。更加专心研究理学，学问得到很大的进步。巡抚御史受张居正的指使，将要陷害邹元标。路过镇远在那里住宿，一个夜晚，御史突然死了。
邹元标流放了六年，张居正死，征召授官吏科给事中，首先陈述培养道德观念、亲近大臣部属、严肃法令准则、尊崇儒家品行、整顿地方吏治五件事。不久弹劾罢免礼部尚书徐学谟、南京户部尚书张士佩。
徐学谟是嘉定县人。嘉靖年间担任荆州知府。景恭王分封德安，想夺取荆州城北面的沙市地盘，徐学谟坚持不给他，被景恭王弹劾。交给抚按官审问，改到别的地方当官。荆州人感激他，把沙市称作“徐市”张居正跟他一向很好。万历年间，积官至右副都御史，巡抚郧阳。张居正回家处理父亲的葬事，徐学谟小心地为他服务，征召授官刑部侍郎。过了二年，提拔为礼部尚书。自弘治以后，礼部长官不是翰林出身不予任命。只有席书因为说“大礼”的缘故，由其他官署调任；万士和不是翰林，但他先担任过礼部侍郎。徐学谟直接被任命为礼部尚书，朝廷大臣因为张居正的缘故，没有人敢说话。张居正死，徐学谟赶忙跟大学士申时行结为亲家以巩固自己的地位。等到奉皇帝命令选择寿官，通政参议梁子琦揭发他先是巴结张居正，然后依附申时行。下诏剥夺梁子琦的俸禄。邹元标接着揭发他，于是命令他辞官回家。
慈宁宫遭火灾，邹元标又上疏陈述有关时事政治六件事。其中说道：“臣先前进献无欲望的教诲，陛下尝试自我检查，是真没有欲望呢，还是节制了欲望？俗话说：‘要想人不知，除非己不为。’陛下的确应该尽快彻底地自我检查，着意节制自己的欲望。”这个时候，皇帝正当壮年，沉迷于声色巡游、宴席，以为邹元标指责自己，很不高兴，降旨责怪他。首辅申时行因为邹元标是自己的门生，却弹劾罢免了他的姻亲徐学谟，也心怀不满，于是把他贬职为南京刑部照磨。调任兵部主事。征召改任吏部，提升员外郎，因病免职。后起用候补验封。陈述吏治十件事，百姓疾苦八件事，奏疏接近一万言。文选员外郎空缺，尚书宋纟熏请求任用邹元标，很久都没有消息，宋纟熏接连上疏催促。给事中杨文焕、御史何选也帮着说话。皇帝发火了，斥责宋纟熏，将杨文焕、何选贬到外地，而将邹元标调往南京。刑部尚书石星为他辩论，也遭到皇帝的责备。邹元标在南京过了三年，称病回家。很久之后，起用为本部郎中，不去赴任。不久母亲死，定居乡里讲学，跟他学习交游的人一天比一天多，名气也越来越大。朝廷内外上疏举荐被遗失的人才，共有几十甚至百道奏疏，没有不把邹元标列在第一位的，终于不被起用。在家隐居将近三十年。
光宗即位，征召授官大理寺卿。未到任，提升刑部右侍郎。天启元年(1621)四月回到朝廷，首先进呈“中和”的言论，说：“现在国家这个样子，都是二十年来各大臣纷争酿造成的。过去不选拔人才、礼让贤能，却天天嫉贤妒能，压制人才，讨论事情的人又不能心平气和，反而专门致力于分立门户派系。卑臣以为今天最要紧的，只是朝廷大臣彼此和睦而已。朝廷大臣和睦了，天地之间自然就和顺了。以前讨论人和事，每个人都心怀偏见，偏见导致迷乱，迷乱导致固执，固执转而自私，不再知道有别人，国家的灾祸就降临了。现在跟各大臣立一个约定，讨论一个人应该公平，不要轻易下笔做结论；讨论一件事应该借鉴以前的经验，考虑它的后果，不要不加思考、轻信传闻。用天下万世的良心，来衡量天下万世的人和事，则议论公平，而国家能享受安定和平的幸福。”于是推荐涂宗浚、李邦华等十八人。皇帝优先下诏，嘉奖并接受了。过了二天，又陈奏发掘选拔人才、理财振军等数事以及保证安宁的四项规条。并请求征召录用叶茂才、赵南星、高攀龙、刘宗周、丁元荐，而抚恤、登录罗大。。、雒于仁等十五人。皇上也赞同接纳。
当初，邹元标站在朝廷上，正直威严，令人生畏，晚年努力争取做到和睦平易。有人议论他赶不上刚开始做官的时候有气魄。邹元标笑着说：“大臣跟言官是有区别的。风度超绝，是言官的事情。大臣关心的不是大的利益和损害，就是应当保护扶持国家，怎么能像年轻人那样怒形于色呢？”这时结帮拉派十分兴盛，邹元标讨嫌这种做法，想改正这种陋习，所以他举荐引用的人不拘一格。曾经想推举任用李三才，因言路不通，邹元标没有坚持。王德完讽刺他首鼠两端，邹元标也不计较。南京御史王允成等人以为他们二人有矛盾，请求皇帝下诏调解。邹元标说：“我与王德完从来没有矛盾，这一定是有人在从中捣鬼。我曾跟朝中大臣说：‘当今皇帝年幼，敌人就在国门边上，只有同心协力、同舟共济了。倘使再党同伐异，对国家来说就是不忠，对家庭而言就是不孝。世上自有不偏袒、不结党的正道，为什么总是在窝里斗个没完呢？’”皇帝即位已经很久，但前朝被废黜、死亡的各臣还没有得到赠封照顾，邹元标再次上疏阐述抚恤大典，言辞更为恳切。
这年十二月改任吏部左侍郎。未到任，授官左都御史。第二年主管在外地官员的考核，离职或是留任全凭公论。御史潘汝祯、过庭训一向有人议论。等过庭训官期任满，潘汝祯的评价充满了赞扬的话。邹元标上疏弹劾，二人一起称病离职。不久，邹元标说丁巳年(1617)对京官的考核不公正，专门打击压制跟自己意见不一致的人，请求皇帝收留录用章家祯、丁元荐、史记事、沈正宗等二十二人。由此各臣多得到平反昭雪。又说：“公开下诏征召被遗失的人才，但各老臣的官阶还是三十年前就应该得到的，应该增加三品抬高他们的官级，表示陛下褒扬尊敬年高德重之人的美德。”皇帝采纳了他的意见。于是北京和南京的太常寺、太仆寺、光禄寺三卿各增加了二个名额。
孙慎行议论“红丸案”邹元标也上疏说：“人类所以存在，是因为有三纲五常。三纲五常所以确立，是因为有信史。我去年乘船经过南中，南中的知识分子都说先皇帝突然驾崩，死因不清楚，传闻不可轻信。我开始还不以为然。等到进入北京城，跟人说起先皇帝有大德，应该尽快记入信史。各大臣说：‘提到先皇帝弥留之际的大事，叫人停笔不敢下，有谁敢担当这个责任？’我开始对前些天听到的话有了怀疑。首辅方从哲不伸张讨伐逆贼的正义，反而实行奖赏奸细的法令，即使是无心做事，又怎么向世人解释交待。况且方从哲执政七年以来，没有听说有什么建树，只听见说骑在马上一天打三次仗，损失我国十万士卒。请问是在谁当政期间，使先皇帝受到震惊，奸邪之人闯入内宫、豺狼当道，扰乱朝政？方从哲如何回答？从来惩戒乱臣贼子，都是依靠信史。信史耽误于今天，不知到何时才能写成？”当时刑部尚书黄克缵观望内廷的意图，小官吏们都跟着他，而方从哲世代定居京城，盘根错节的关系不少，崔文升一帮人迎合内廷，极力追究孙慎行和大家的议论，都不能陈述。不久，孙慎行和王纪一起被驱逐，邹元标上疏挽留，皇帝不听。
邹元标自从回到朝廷以来，不危言耸听，不发表过激言论，对于事物没有猜疑。然而奸诈小人因为他是东林党人，还是忌恨他。给事中朱童蒙、郭允厚、郭兴治担心明年考核京官对他们不利，暗地里想办法赶走他。正好邹元标同冯从吾创建首善书院，集合志同道合的人讲学，朱童蒙首先请求禁止。邹元标上疏辩论请求辞职，皇帝已经安慰挽留，郭允厚又上疏弹劾，语言尤其荒谬没有根据。而魏忠贤刚刚大权独揽，传旨说宋朝之所以灭亡是因为讲学，将要严加谴责。叶向高极力辩解，并且乞求一起辞职，这才下了道温和的诏书，郭兴治和郭允厚又交相上疏大力攻击，郭兴治竟然把他们比作山东的“妖贼”邹元标更加坚定地接连上疏请求离职，下诏加赠太子太保，乘驿车回家。闭门谢客，进呈老臣请去国情深疏，一一陈述军国大计，而规劝皇帝节制欲望，人们争相传诵。天启四年(1624)死在家里。第二年，御史张讷请求拆毁天下的讲坛，极力诋毁邹元标，魏忠贤于是假传圣旨剥夺他的官籍。崇祯初年，赠太子太保、吏部尚书，谥号“忠介”
孙慎行，字闻斯，江苏武进人。年轻时听到外祖父唐顺之的绪论，就十分喜好读书。万历二十三年(1595)，考中进士第三名，授职编修，积官至左庶子。几次请假定居乡里，闭门绝交，精心钻研理学。有人求见，都不接纳，有人向他询问政事，他也不回答。
万历四十一年(1613)五月从少詹事提拔为礼部右侍郎，代理本部事务。正在这时，城郊祖庙大规模宴享各礼节，皇帝有二十多年没有亲自主持，东宫太子停止讲读已有八个年头，皇帝长孙九岁了还没有请外面的老师，瑞王二十三岁尚未成婚，楚王同族的人禁锢很久没有释放，代王废除大儿子立小儿子，好久都不更正，臣子的奏章上疏全部扣留禁中，福王府庄田超过四万顷。针对上述情况，孙慎行痛切进谏。此后，考虑到东宫太子开讲，皇帝孙子请老师，关系到宗庙社稷的安危，上疏多达七八次。代王废除长子朱鼎渭，立爱子朱鼎莎，李廷机当侍郎的时候主持这事，这以后，大臣们上疏一百多道争论，皇帝都不省悟。孙慎行多次上疏力争，才得以改正。楚王族人打死巡抚赵可怀，为首的六个人处以死刑，又将朱英女蕉等二十三人囚禁在监牢里面，将朱蕴钫等二十三人关押在很远的地方。孙慎行极力辩白他们并非谋反，各人因此得以释放。皇太子虽已确立，福王还滞留京城，需要四万顷庄田才离开，势利小人多暗中侦察。朝臣请求让福王回王国的人越多，皇帝就越推迟他的行期。孙慎行上疏十几次，都不见省悟。最后，贵妃又请皇帝挽留福王庆贺太后七十年的寿辰，大家的议论更加纷扬。孙慎行于是联合文武大臣跪在宫殿前极力请求，大学士叶向高也竭力争辩。皇帝不得已，答应明年阴历三月让他回王国，大家的情绪才安定下来。
韩敬议论科举考试，孙慎行准备废黜韩敬。他在家乡居住时一向在东林讲学，韩敬的同党很忌恨他。正好吏部侍郎空缺，朝廷议论让李志改任吏部左侍郎，孙慎行为右侍郎，任命都还没有下达。御史过廷训于是说李志未到任，何必再推举孙慎行，给事中亓诗教附和他。孙慎行于是四次上疏请求回家，到城外等候命令，皇帝于是同意了。不久考核京官，御史韩浚等人因为催促福王回国，认为孙慎行求取功名，把他的名字写进纠察过失的上疏中，皇帝清楚他无罪，孙慎行幸免于难。
熹宗即位，征召授官礼部尚书。当初，光宗皇帝病情加重，鸿胪寺丞李可灼进献红铅药丸，不久皇帝驾崩，朝廷大臣轮流上书弹劾他。大学士方从哲草拟圣旨让他称病回家，赠送给他金币。天启二年(1622)四月，孙慎行回到朝廷，上疏说：
“先皇帝死得这么快，虽然说有旧病，实际上是治病的人用药不慎重。读官府的报纸，得知李可灼的红丸是首辅方从哲进献的。李可灼不是宫内太医，红丸不知道是什么药，却竟敢那么快地进献给皇帝。往昔许悼公喝太子药而死，太子就自杀了，春秋还记载为弑君。然而方从哲应该如何处置？快点拿剑自杀向先皇帝谢罪，是上等行为；关了门躺在草席上，等候司法部门处理，是次等行为。他却竟敢如此凶狠不加任何考虑。等到满朝大臣一起攻击李可灼时，方从哲只是命令他回家休整，难道不是因为自己举荐了李可灼，恐怕跟他一起受处分吗？我以为方从哲纵然不是有心弑君，却造成了弑君的事实；想要洗刷弑君的罪名，难逃弑君的事实。实录中如果想要替君父避讳，不得不直接写上方从哲连续进献二颗药丸，皇帝片刻驾崩，恐怕到了后代，要想真相大白于天下，是不能够了。
“然而方从哲的罪行实在不止于此。首先有皇贵妃想立为皇后的事情。自古以来没有皇帝一死就立皇后的。倘若不是礼官上疏，言路极坚持，岂不是要嫁祸于国家吗！其次有谥号皇祖为恭皇帝的事情。遍考晋、隋、周、宋各朝，凡是末代亡国的君主都谥号为“恭”方从哲却将它加在我朝皇祖的头上，难道真是不学无术，实际是在诅咒我国已经快要亡国了，其居心何在？最后有选侍垂帘听政的事情。刘逊、李进忠这二个些微小臣，何至于如此大胆，口出狂言。或以为二小臣早就把黄金宝物送到方从哲家，如果不是九卿、台谏极力请求移宫，选侍一旦得志，陛下将无立足之地。听说那时方从哲迟迟不肯进奏，科臣催促他，他却说迟几天没关系。放任太监肆意嚣张，忍心看着皇上不安，做大臣的应该像这样无动于衷么？
“我在礼部说有关礼的事情。他罪恶滔天，毫无生路可言。至于其他督战误国，欺上徇私，纵情声色，践踏国法，冒犯天下名义，酿成国家灾害的罪行，我不能一一列举。陛下应立即声讨这贼臣，以雪不共戴天之仇。不要问身旁的人，身旁的人都是方从哲巴结好了的。不要拘禁忌讳的人，那些人都是方从哲布置好了的。请求皇上立即诛杀李可灼，以泄神人之共愤。”
当时全国都痛恨方从哲，孙慎行的言论虽过于尖刻，然而大家都认为他说得对。看到身边亲侍多为方从哲说话，皇帝于是说：“方从哲一向忠诚小心，李可灼进药本是先皇帝的意思。你的话虽出于忠诚爱护，事情却是传闻。连同进封、移宫等事情，当天九卿、台谏官亲眼看到的，当据实上报，用以释解大家的疑虑。”于是方从哲上疏辩解。刑部尚书黄克缵偏袒方从哲，也为他曲意辩解。孙慎行又上疏驳斥，说：“此前过于相信李可灼，罪在轻视进药；此后曲意庇护李可灼，罪在不声讨盗贼。二者都不能开脱弑君的罪名。方从哲说移宫有真凭实据，但各臣的请求是在初二，方从哲的请求是在初五。那时奏章上疏送到乾清宫不送到慈宁宫已有三天，国家大事几乎中断，不是其他辅臣调查获悉，与朝臣极力请求，其危害真是一言难尽啊！臣恭敬拜读皇帝的诏书，其中说：‘辅臣的意义在于分管国事，替朕分担忧愁。现在这种局面，为何不代朕传一句话，平息各种意见纠纷，君臣之间的大义到哪里去了？’又说：‘朕不能忍受侮辱虐待，六七天都在日夜哭泣。’方从哲是顾命元老重臣，假使他能稍微有所行动，何至于让至尊的皇帝如此忧愤危险！他阿谀奉承太监是那么多，感戴皇帝的圣明是如此少，所以胆敢侮辱皇帝的祖先，违抗皇帝的父亲，而欺负皇帝陛下啊。”最后又极力说明黄克缵的荒谬。二疏章一起交朝廷讨论。不久上报皇帝，只是将李可灼下狱发配边地，方从哲不问罪。
山东巡抚报告，五月中旬，大白天月亮和星星一齐出现了。孙慎行以为非常怪异，上疏请求皇帝修身反省，语言非常直率中肯。秦王朱谊氵患由庶受封，排行老四按规矩不应该封为郡王，重礼贿赂皇帝近臣，才得圣旨批准。孙慎行坚决不接受诏书，三次上疏争辩，没有结果。七月称病离职。
这一年冬天，朝廷推举内阁大臣，以孙慎行第一，吏部侍郎盛以弘第二。魏忠贤压制不任用，任用顾秉谦、朱国祯、朱延禧、魏广微，朝臣大吃一惊。叶向高接连上疏请求任用孙、盛二人，最终没有效果。此后，魏忠贤气焰嚣张，讨论编写三朝要典，孙慎行列为“红丸案”的首犯。同党张讷于是上疏极力诋毁，下诏剥夺官籍。不久，刘志选又两次上疏追查揭发，下诏抚按调查审讯，发配宁夏充边，没有出发，庄烈皇帝即位，赦免了他。
崇祯元年(1628)命令以原来官职协助治理詹事府，极力推辞不到任。孙慎行操守严峻，品行纯洁，为一代官吏之宗师。朝士多数推举他进入内阁，吏部尚书王永光极力排斥他，终究不被任用。八年，推举内阁大臣，几次皇帝都不满意。最后把孙慎行、刘宗周、林钅干的名字上报，皇帝立即召见他们。孙慎行已经患病，刚到北京就死了。赠封太子太保，谥号文介。
高攀龙，字存之，无锡人。少年时读书，就喜好程颐、朱熹的学说。万历十七年(1589)中进士，授行人职。四川佥事张世则进呈他的著作大学初义，诋毁程颐、朱熹的章句，并请求颁行天下，高攀龙上疏极力反驳他的错误，张世则这本书便没有颁行。
侍郎赵用贤、都御史李世达被别人攻击丢了官，袁中的议论多数归咎于大学士王锡爵。高攀龙上疏说：
“近来朝廷之上，正人君子被排挤一空。大臣则孙钅龙、李世达、赵用贤走了，小臣则赵南星、陈泰来、顾允成、薛敷教、张纳陛、于孔兼、贾岩被斥退了。近来李祯、曾乾亨又无法安心本职而乞求走了，选郎孟化鲤又借口推荐言官张栋，随着这股潮流去了。
“天地之间造就一个人才是很难的，国家需要人才是很急迫的，这样的废置排斥，以后的人才怎么接得上。这些情况已使得正直的人扼腕叹息，奸邪的人弹冠相庆，世道人心如此真叫人不胜感慨！而且现在陛下的朝讲已经停止很久了，朝臣不能望见皇帝的龙颜。皇帝传旨下来，虽然说是圣上亲自裁定，但这里面隐藏了些什么，难以揣度其究竟，所以朝廷内外的舆论，不是说‘辅臣想除掉不归附自己的人’，就是说‘近侍不利用正直的人’。陛下深居九重之内，也曾经把每位大臣是否贤能的情况写了陈列在左右；而陛下对于各臣，也曾想过他们为什么会获罪的原因吗？如果以为都是由于圣上发怒，可是各臣除孟化鲤之外，未曾听说有触犯圣旨的，为什么都遭罢免斥退呢？即便违抗了皇帝讲了不中听的话，例如董基等，陛下已经录用，为什么对于这些人却不是这样呢？我恐怕陛下有驱逐奸邪的果断，而左右的人反而利用来实现自己嫉妒的私心；陛下有接纳进言的博大胸怀，而臣子反而留给您拒绝谏诤的讥嘲。传到各地，写进史册，使圣德受累不浅。
“辅臣王锡爵等，看他自我约束的情况，好像胜过张居正、申时行；观察他的用心和五十步笑百步又有什么不同呢？即如各臣被罢退斥逐，如果以为当然是这样，那么是非邪正，一般人都能辨别，怎么忍心坐视皇帝的错误做法，难道不是为了发泄私愤，而得益于把那些人全都罢免斥退光吗？”
最后极力诋毁郑材、杨应宿说人坏话、巴结奉承应该罢免。杨应宿也上疏攻击高攀龙，所讲的话非常荒诞，没有根据。两份奏疏一起交给部院，议论的结果是请求对二人稍加责罚，以表示惩治过去，警戒未来。皇帝不准，降杨应宿二级，把高攀龙贬职流放到揭阳为添注典史。
御史吴弘济等议论挽救，都受到谴责。高攀龙上任七个月就因事归去，接着父母去世，于是不再做官，在家住了近三十年。言者多次推荐，皇帝都不醒悟。
熹宗即位，起用高攀龙为光禄寺丞。天启元年(1621)升为少卿。第二年四月上疏弹劾外戚郑养性，说：“张差梃击谋害太子实在是郑养性的父亲郑国泰所主使。现在人们议论纷纷，都怀疑郑养性勾结宫内外犯法作乱的人，另有异谋，怀疑积累多了得不到解决，应当考虑一个妥善处理的办法。至于刘保谋反，是中官卢受主使的，刘于简的供词都在。卢受本是郑氏的私党，而李如祯一家勾结郑氏，阴谋陷害名将，导致失地丧师，刘于简原来的供词，说明李永芳约了李如祯做内应。像崔文升向来就是郑氏的心腹，知道先帝有虚症，故意给他服用泄药，这罪不能赦免。陛下仅仅将他斥责赶走，而崔文升还秘密住在京城。应该勒令郑养性回到家乡，尽快将李如祯、崔文升绳之以法，以昭彰国家大法。”奏疏送入，皇帝责怪高攀龙多事，但终于遣送郑养性回了老家。
孙慎行因为“红丸案”攻击前朝首辅方从哲，交给大臣们讨论。高攀龙引用春秋首恶性之诛为例，把“红丸案”的主要责任归咎于方从哲。给事中王志道为方从哲辩解，高攀龙写信切实责备他。不久改任太常寺少卿，上疏陈述努力学习的重要，接着说：“方从哲的罪行并非只有‘红丸’一件事，他最大的罪行在于勾结郑国泰。郑国泰父子有计划地谋害先帝的事不止一件，开始是张差的梃击，接着是郑贵妃进送美女，最后是崔文升的药，而方从哲实在是佑护他。尽力扶持帮助郑氏的党徒，尽力铲除不听从郑氏的人；一时人心惶惑，只知道郑氏，不知道东宫太子。这是盗贼一样的臣子，讨伐盗贼，就是陛下的孝。而有的人却说：‘为先帝隐讳才是孝。’这是扰乱天下的歪理。陛下顾念圣母就应该宣布李选侍的罪行，顾念皇考就应该加厚对李选侍的恩德，这样就仁至义尽了。而有的人却说：‘为圣母隐讳才是孝。’明明是圣谕，看作是假托；像杨涟那样忠心，却被诽谤为居功自傲。大臣怕被说是居功，宁愿以待罪之身躲在一边，当君父有急难的时候，却在那里袖身旁观，这也是导致天下大乱的歪理。被这样的说法所迷惑，真正的孝不知道是孝，把不孝也当作大孝；真正的忠不知道是忠，把不忠也当作大忠。忠孝都可以颠倒，什么事情不可以胡为呢？所以方从哲、郑养性不能不讨伐，为什么还让他们住在天子脚下？”当时在朝廷暗中支持方从哲的势力很大，他们摘取了高攀龙奏疏中“不孝”的话激怒皇帝，将要对他严加谴责。叶向高大力拯救，这才停发俸禄一年。邹元标受到攻击，高攀龙请求和他一同罢免，皇帝下诏挽留他。升为太仆卿，提升刑部右侍郎。
天启四年(1624)八月拜左都御史。杨涟等一群人攻击魏忠贤，双方已势不两立。等到叶向高离职，魏广微天天引导魏忠贤做坏事，而高攀龙是赵南星的门生，一同在重要部门。御史崔呈秀巡按淮、扬回来，高攀龙揭发他贪污受贿的邪恶行为，赵南星建议把他充军，崔呈秀处境困迫，急忙跑到魏忠贤那里，乞求做他的干儿子，于是捡了谢应祥的事，说高攀龙党附赵南星。皇帝下了道严厉的圣旨责问追究，高攀龙自己承担罪责走了。不久，南京御史游凤翔调出当知府，揭发高攀龙挟持私人势力排挤他。下诏恢复了游凤翔过去的官职，革了高攀龙的职。崔呈秀还不解恨，一定要杀他，把他的名字偷偷塞进李实弹劾周起元的奏疏中，派遣缇骑前往逮捕他。高攀龙早上拜谒宋代儒家学者杨龟山祠，有人把这公文告诉了他，高攀龙回去和二个门生一个弟弟在后园的池上喝酒，听说周顺昌已经被逮捕，笑说：“我视死如归，现在就要实现了。”进去和夫人说话，跟平时一样。出来，写了两张纸告诉二个孙儿说：“明天交给官府的校尉。”于是让他们出去，关好门。过了一会儿，大伙推门进去，看到一盏灯火光微弱，高攀龙已经整整齐齐地穿戴好衣帽自己溺死在池中了。拆开他所封的纸，是一个遗表，说：“我虽然被革职，从前曾是大臣，大臣受侮辱就是侮辱国家。谨向北面叩头，跟从屈原遗留下来的榜样。”又有告诉门生华久诚的信说：“我能够像这样从容不迫的死去，多少还是得力于我一生治学的结果。”当时他六十五岁。远近的人听到他的死讯，没有不为他哀伤的。
崔呈秀还不解恨，假传圣旨把高攀龙的儿子世儒交给司法部门审理，刑部判世儒不能防范他的父亲，流放服劳役。崇桢初年，追赠高攀龙为太子少保、兵部尚书，谥号忠宪，授予高世儒官职。
起初，海内学者全部都尊奉王守仁的学说，高攀龙心里很不以为然，他和顾宪成同在东林书院讲学，以静为主。品行纯良忠厚，完全是一个正直的人，被当时的学者所尊奉。海内士大夫，认识的和不认识的，都一致称颂高、顾二人。高攀龙被革职的时候，皇帝下诏拆毁了东林书院。庄烈帝即位，学者重新修复了它。
冯从吾，字仲好，陕西长安人。万历十七年(1589)进士，改任庶吉士，授官御史。巡视宫城，宦官置备名帖求见，拒绝不见。礼科都给事中胡汝宁奸诈狡猾、胡作非为，多次揭发都不离职。冯从吾揭露他的邪恶，才把他调往外地，正值考核地方官员的时候，冯从吾严加巡视，行贿者销声匿迹。
万历二十年(1592)正月上奏章说：“陛下郊庙祭礼不亲自参加，朝臣聚会不亲自驾临，奏章扣留在禁中不下发。请看戊子(1588)以前，周边国家效忠顺服，天下太平；己丑(1589)以后，南有倭寇告急，北有强敌犯边，天灾人祸，层出不穷。前者为励精图治的功效，后者是懈怠败坏的灾祸。近来传颂皇帝告谕，说皇帝身体欠佳，想以此为由自我掩饰，却不知宫内敲钟，声音已传于宫外。陛下每晚必饮酒，每饮必醉，每次喝醉了必定发脾气。左右的人稍有一句话不对劲，就用乱棍打死，外廷没有不知道的。天地良心，难道是可以欺骗的么！希望陛下不要以为天灾不足畏惧，不要以为人言不足忧虑，不要以为目前的太平安定可以依赖，不要以为将来的危险动乱可以忽视，如此，则是国家社稷的大坏事。”皇帝大怒，想处罚他廷杖刑。正好赶上仁圣太后的寿辰，内阁大臣极力劝解得以幸免。不久告假回家，起用巡视长芦盐政。为政清廉，优待商人，奸猾之徒大为收敛。回到朝廷后，正赶上皇帝因为军事事务大批废黜北京和南京的言官。冯从吾也被剥夺官籍，还是由于先前上疏的缘故。
冯从吾生性纯正而诚实，有志于濂、洛二个学派的理学，跟着许孚远学习。罢官回家，闭门谢客，用前辈学者的格言，对照自己的实践，造诣更加深邃。在家隐居二十五年，光宗即位，起用尚宝卿，提升太仆少卿，全因为哥哥的丧礼没有赴任。不久改任大理寺。
天启二年(1622)提拔为左佥都御史。才二个月，提升为左副都御史。朝廷讨论“三案”冯从吾说：“李可灼拿至尊皇帝试验药物，却同意他称病回家，掌权者是何用心？至于梃击这个官司，跟揭发奸人的各臣作对的人，就是奸人。”因此众太监讨厌他。
不久，与邹元标共同创建首善书院，召集志同道合的人在里面讲学。给事中朱童蒙上疏诋毁。冯从吾说：“宋朝不兴盛，是因为禁止讲学的缘故，而不是讲学的缘故。我朝太祖、成祖宣扬‘六经’，皇帝布置讲经史的几席，皇太子出楼听讲，都是讲学。臣子期望皇帝讲学，自己却不去做，能行吗？原大臣王守仁，在行军打仗的空隙，还不忘记讲学，终于成就伟大的功业。这就是我们不计较名誉得失而兴书院讲学的原因。”于是再次称病辞职，皇帝下诏好言相劝，挽留他。给事中郭允厚、郭兴治又先后极力诋毁邹元标。冯从吾又上疏说：“我壮年时进入朝廷，就跟杨起元、孟化鲤、陶望龄等人创立讲学会，直到我告病回家才停止。北京讲学，过去就有了，为什么直到今天才被谴责？”于是再次上疏辞职。
天启四年(1624)春天，起用为南京右都御史，多次推辞没有批复，征召授官工部尚书。正好赵南星、高攀龙相继离职，接连上疏极力推辞，让他辞官回家。第二年秋天，魏忠贤的党羽张讷上疏诋毁冯从吾，剥夺官籍。同乡王绍徽一向怀恨冯从吾，等到在吏部任职，使乔应甲巡抚陕西，千方百计地搜集材料，但一无所获。于是毁坏书院，推倒先圣的像，丢在城角。冯从吾非常愤怒、忧郁，得病死了。崇祯初年，恢复官阶，赠封太子太保，谥号恭定。